Faut-il en conclure que c’est là la raison du déclin de la Compagnie de Caracas ? S’il est vrai que ces opérations ont eu un impact négatif sur leur activité, ce n’est pas la seule raison. Une autre raison était sans doute le cadre « protectionniste » ou mercantiliste dans lequel opérait la Compagnie. Dès ses débuts, il a été structuré selon les principes de monopole du système espagnol. Dans ce cadre, elle a pu profiter d'échanges « périphériques » à l'entreprise elle-même, qui lui étaient bénéfiques en termes relatifs, comme l'approvisionnement en farines et marchandises européennes par la contrebande.
Cependant, l'ouverture de nouveaux ports dans la métropole pour permettre le commerce direct avec l'Amérique en 1778 a obligé Caracas à concurrencer d'autres particuliers, ce qui a rendu ses affaires très difficiles. Dès lors, son activité en pâtit. D’autres événements ont également influencé le déclin de la société. Tout d’abord, le déclenchement de la guerre contre l’Angleterre en 1779 entrava le trafic régulier. Deuxièmement, la perte de plusieurs navires de la compagnie, capturés par une escadre anglaise sur la côte cantabrique, alors qu'ils commençaient leur route vers l'Amérique, fut le coup décisif qui les obligea à cesser leur activité. La société fut liquidée en 1785, mais pas avant que ses actionnaires aient pu échanger leurs titres contre des actions de la Compagnie royale des Philippines, considérée en partie comme une extension de la Guipuzcoana, bien qu'avec d'autres objectifs.