¿Habría que colegir que este fue el motivo del declive de la Compañía de Caracas? Siendo cierto que aquellas operaciones influyeron negativamente en sus negocios, no serían la única causa. Otro de los motivos fue sin duda el marco "proteccionista" o mercantilista dentro del que actuó la Compañía. Desde sus inicios se estructuró sobre los principios del monopolio del sistema español. Dentro de este esquema, supo sacar provecho de unos intercambios "periféricos" a la propia empresa, que le beneficiaron en términos relativos, como fue el abastecimiento de harinas y géneros europeos por vía del contrabando.
Sin embargo, la apertura de nuevos puertos en la metrópoli para poder realizar el comercio directo con América en 1778, determinó que la caraqueña tuviera que competir con otros particulares lo que hacía muy difícil su giro. A partir de entonces, su actividad se resintió. Hubo además otros acontecimientos que incidieron en el cierre declive de la sociedad. En primer lugar, el estallido de la guerra contra Inglaterra en 1779, dificultó su tráfico regular. En segundo término, la perdida de varios navíos de la empresa que fueron capturados por una escuadra inglesa, en la costa cantábrica, apenas iniciada su ruta hacia América, fue el golpe decisivo para que tuviera que clausurar su actividad. La sociedad se liquidaba en 1785, no sin antes poder cambiar sus accionistas sus títulos por acciones de la Real Compañía de Filipinas, considerada en parte como una prolongación de la Guipuzcoana, aunque con otros objetivos.