L'activité qui procurait la plus grande marge bénéficiaire à la Compagnie était le commerce du cacao, de sorte que, bien qu'intéressé par le tabac, il restait aux mains des Hollandais. En ce qui concerne le cacao, il suffit de rappeler quelques faits : comme indiqué, pendant la première étape de la Compagnie, dans les années 1930, le cacao était acquis à Caracas à un prix de 6 ou 8 pesos le boisseau. Le prix de vente sur la péninsule était de 50 oms, ce qui représentait une marge bénéficiaire importante et aussi pour les consommateurs, qui voyaient comment le prix du marché avait baissé par rapport à ce qui, des années auparavant, était arrivé via Amsterdam. La position privilégiée dans laquelle opérait Guipuzcoana l'a conduit à commettre des abus, comme la fixation de prix bas pour l'acquisition du cacao (6-8 pesos le boisseau, selon la qualité), alors que dans la métropole elle le vendait à plus de 50, pendant la première étape de son activité. Que ce soit à cause de ces circonstances ou d'autres, le fait est qu'entre 1748 et 1749, il y eut une révolte contre Guipuzcoana. Dans ce soulèvement, il y eut aussi d'autres intérêts, comme les Anglais, qui après avoir échoué dans la prise de La Guaria (entrée principale de la côte de Caracas), sous le commandement de Charles Knowles, invitèrent ses habitants à se révolter contre Guipuzcoana, leur promettant de meilleures conditions que celles dont ils bénéficiaient avec la Compagnie.
Les plaintes, et surtout la révolte, ont conduit le monarque à suspendre temporairement l'activité de la Guipuzcoana jusqu'à ce que les abus qui lui étaient attribués puissent être vérifiés. Après deux ans, l’activité a été relancée, mais avec quelques changements pour l’entreprise. Ainsi, la société commerciale devait fixer les prix du cacao, aussi bien pour son achat dans la colonie (13-14 pesos le boisseau) que pour sa vente dans la métropole (33-35 pesos). De cette façon, la marge bénéficiaire a été réduite, mais malgré cela, le commerce du cacao est resté très productif.