La actividad de la Compañía no estuvo exenta de dificultades. Además de la guerra de 1739, que entorpeció el tráfico regular a América, tuvo que soportar la rebelión de 1748-9. Restablecida, dos años más tarde, la actividad de la Compañía, en 1752, su sede principal se trasladó a Madrid, quedando en San Sebastián una dirección secundaria, dependiente de las decisiones de aquella. El organigrama de la sociedad cambió, y lo que fue más importante, la junta anual de accionistas se celebraría en la Villa y Corte, y las decisiones de la junta particular, que se reunía regularmente, quedaron mediatizadas por quienes eran sus miembros. Siendo en su origen una compañía en la que la mayor parte de sus accionistas residían en Guipúzcoa, su presencia estaba asegurada en las reuniones anuales de la sociedad en San Sebastián. A partir de 1752, la asistencia de numerosos accionistas guipuzcoanos debió delegarse en gentes residentes en Madrid. Por su parte, la primitiva junta particular había estado compuesta por la dirección, todos ellos expertos en materia mercantil, además del secretario y tesorero. A partir del cambio de sede, serían ocho sus miembros, ajenos algunos a la gestión directa de una empresa mercantil de aquellas características, y en representación de unos intereses más ligados en ocasiones, a la Real Hacienda.