Les premiers navires de la Compagnie qui quittèrent Pasajes, en juillet 1730, furent trois : San Joaquín , San Ignacio et Santa Bárbara (alias Guipuzcoana Galley ). Mais très vite, la Compagnie incorpore de nouveaux navires. Tout au long de sa vie, il a possédé près de 100 bateaux différents (bien que certains portaient le même nom), mais pas en même temps. Pour disposer de navires, elle disposait de ses propres chantiers navals à Pasajes, même si elle devait également recourir à l'achat d'unités étrangères, compte tenu des limites de sa propre production.