La operación que más margen de beneficios proporcionó a la Compañía fue el tráfico de cacao, de tal manera que, aún interesándose por el tabaco, éste siguió en manos de los holandeses. Por lo que respecta al cacao, baste recordar algunos datos: tal como se ha indicado, durante la primera etapa de la Compañía, años 30, el cacao lo adquiría en Caracas a un precio de 6 u 8 pesos la fanega. El precio de venta en la Península era de 50 o más, lo que suponía un gran margen de beneficio y también para los consumidores, que vieron cómo había descendido el precio en el mercado respecto del que, años atrás, había llegado vía Amsterdam. La situación de privilegio con la que actuaba la Guipuzcoana llevó a que cometiera abusos, tales como el fijar precios bajos en la adquisición del cacao (6-8 pesos la fanega, según calidades), mientras que en la metrópoli lo vendía a más de 50, durante la primera etapa de su actividad. Ya fuera por estas y otras circunstancias, el hecho es que entre 1748-9 hubo una revuelta contra la Guipuzcoana. En esta sublevación, hubo también otros intereses, como los ingleses, que tras haber fracasado en su toma de La Guaria (entrada principal de la costa caraqueña), al mando de Charles Knowles, invitó a sus habitantes a la sublevación contra la Guipuzcoana, prometiéndoles mejores condiciones de las que gozaban con la Compañía.
Las quejas y sobre todo la revuelta, llevó al monarca a suspender temporalmente la actividad de la Guipuzcoana, hasta verificar los abusos que se le imputaban. Después de dos años, se reinició la actividad, pero con algunos cambios para la Compañía. Y así, la sociedad mercantil debió fijar unos precios al cacao, tanto para su compra en la colonia (13-14 pesos fanega) como para su venta en la metrópoli (33-35 pesos). De esta forma se recortaba el margen de beneficio, pero aún así, el negocio del cacao seguía siendo muy productivo.