I Guerra carlista, 1833-1839. Estella fue partidaria de trasladar las aduanas al Pirineo como ciudad comerciante y productora de materias elaboradas -tejidos principalmente- a las que la competencia extranjera mermaba la posibilidad de una buena comercialización. En 1818 la ciudad protestaba contra la resistencia que oponían las autoridades navarras al traslado de las aduanas. En 1831 envía una representación a Madrid para que trate de las trabas que experimenta el comercio. Ilarregui en su Memoria... coloca a Estella en la oposición al régimen foral junto con "Sangüesa, Corella, Fitero, el valle todo de la Solana, las villas de las montañas, en fin, todo lo principal de Navarra." Pero, situada en un medio muy rural y apegado al Fuero, fue rápidamente ocupada por los carlistas que la convirtieron en Cuartel Real y punto central del País Vasco carlista. Ya para el 14 de noviembre de 1833 -la insurrección estalla en octubre- Zumalacárregui había sido nombrado comandante interino de Navarra en Estella. El 15 de mayo de 1835 fija su cuartel general en la ciudad que los liberales habían abandonado. El abandono correspondía al sistema adoptado por Valdés de desguarnecer los puntos fortificados, pues ahora que los carlistas poseían artillería, estas fortificaciones sólo servían para dejar armas y hombres en manos de los carlistas. Dos años más tarde, en 1837 : los carlistas fortificarán Estella con 10 piezas de artillería y 2 compañías de inválidos. Este mismo año, [1837], sale de Estella la expedición real, con 17 batallones, 1.000 caballos y 300 artilleros. Iba al frente de la expedición el infante don Sebastián, con Moreno como jefe de su Estado Mayor. La expedición duró aproximadamente seis meses. Tuvo ocasiones en que el triunfo final se le venía a las manos y terminó triste y trágicamente en los fusilamientos de Estella y el abrazo de Vergara. Los primeros días de mayo estalla en Estella un amotinamiento de la tropa que pronto había de extenderse y propagarse a otras localidades. "En Estella -escribe Uranga en su Diario- continúa el rumor de insubordinación en el 5.° y muchos mueras a la Junta y que se les pague. Todos los demás batallones están en lo mismo y algunas compañías han pretendido venir a Estella con el mismo objeto. "Los desórdenes duran desde el 6 y días sucesivos. El 10 -coincidiendo con el proceso iniciado contra Zaratiegui y Elío-, los insubordinados saquean la casa donde se reunía la Junta Carlista. Según el "B. O. de Pamplona" "comenzó un fuego horroroso por las calles, fueron saqueadas entre otras casas las de la Junta y del obispo de León, despedazando los papeles: D. Carlos fue desobedecido y despreciado y a las 10 de la mañana del 11 se publicó un bando para que salieran todos los hojalateros." En febrero de 1839 tienen lugar en Estella los terribles fusilamientos que ordena Maroto contra sus supuestos conspiradores, los generales Carmona, Guergue, Uriz e Ibáñez. Los acusados reclamaron los derechos de defensa, pero fueron fusilados detrás del santuario del Puy prescindiendo de los trámites de la ley. D. Carlos le declaró traidor y le relegó de todos los cargos, pero al ver que el ejército apoyaba a Maroto tuvo que retractarse.