Las reformas tributarias de 16 de diciembre de 1957 y de 11 de junio de 1964 crearon nuevas y poderosas figuras impositivas, como lo fueron el Impuesto sobre el Tráfico de las Empresas y el Impuesto sobre el Lujo, que tropezaron con el frágil armazón del viejo Convenio de 1941. La propia Ley de Reforma Tributaria de 1964 hacía un llamamiento expreso al Gobierno para que regulara las aportaciones al sostenimiento de las cargas generales de Navarra y Álava y para que, de acuerdo con las Diputaciones, "se adoptaran las medidas conducentes a asegurar la realización de los criterios distributivos, sociales y económicos, en que se inspire la política nacional". Tras un periodo de al menos cuatro años de estudios y tensas negociaciones se firmaba en Madrid el 19 de julio de 1969 el Acta del acuerdo y su instrumento anexo que fue publicado como Decreto Ley 16/1969, de 24 de julio (BOE nº 180 de 29 de julio de 1969).
En lo formal, el Convenio de 1969 se suele caracterizar por el empleo del Decreto Ley con artículo único. Un subterfugio arbitrado por Franco para sortear a sus propias Cortes. El texto formal de artículo único o lectura única marcará la pauta para los sucesivos acuerdos de Concierto y Convenio que serán por este medio robustecidos. Otro señalado rasgo es su título preliminar que presenta las bases modernas de la autonomía tributaria de Navarra, a la que reconoce "amplias facultades para mantener y establecer en la Provincia el régimen tributario que estime procedente, siempre que no se oponga a los pactos internacionales, al presente Convenio o a las contribuciones, rentas o impuestos propios del Estado."
Los criterios armonizadores afectaban a los Impuestos a cuenta de los Generales sobre la Renta, posteriormente derogados en su mayoría por la reforma de 1978. Recuérdense, por ejemplo, los impuestos sobre los Rendimientos del Trabajo Personal, sobre las Rentas del Capital y sobre Actividades y Beneficios comerciales e industriales. Afectaban al propio Impuesto General sobre la Renta de las Personas Físicas, igualmente derogado desde 1 de enero de 1979, para cuya exacción por Navarra se exigía el doble requisito de la vecindad civil y la residencia efectiva. También al Impuesto sobre la Renta de Sociedades y demás Entidades Jurídicas (derogado al entrar en vigor el Impuesto sobre Sociedades el 1979), que requería a las Sociedades domiciliadas en Navarra para tributar a la Diputación Foral que la mayoría del capital desembolsado perteneciese a personas de condición navarra y además que la mayoría de los negocios se realizasen dentro de Navarra o bien que estuvieran en este territorio la mayoría de las inmovilizaciones. Un requisito excesivamente restrictivo, ajeno a la personalidad del sujeto pasivo del tributo y contrario al interés de los negociadores navarros, que el capital foráneo siempre esquivó con facilidad mediante testaferros. Y al Impuesto General sobre las Sucesiones que, al igual que en el Convenio de 1941, pedía al causante tener derecho al régimen foral de acuerdo con el código civil, salvándose la tradicional exención foral de las herencias directas que tanto escozor ha levantado siempre en el Estado.
En los Impuestos Indirectos se armonizaba el Impuesto General sobre Transmisiones Patrimoniales y Actos Jurídicos Documentados, con prolija casuística en los puntos de conexión, el Impuesto sobre el Tráfico de las Empresas, el Impuesto sobre el Lujo (ambos derogados a partir del 1 de enero de 1986 por la Ley Foral 24/1985, del IVA), y los Impuestos Especiales (también derogados a partir de 1 de enero de 1986 y regulados de nuevo por la Ley Foral 25/1985).
El Convenio creaba dos comisiones coordinadoras para un mejor fin de sus disposiciones, una para impuestos directos y otra para indirectos. Con sensatez, ambas fueron refundidas en una sola mediante el Decreto 76/1973, de 18 de enero. Y regulaba de nuevo la Junta Arbitral, con el fin de revisar los acuerdos sobre los que las administraciones tuvieran discrepancia.
En la parte financiera, el Convenio de 1969 introdujo una importante novedad que vino a romper la tradición de la cuantía única de la aportación económica o donativo foral, al establecer y distinguir tres conceptos diferentes. De un lado el denominado cupo contributivo, de carácter fijo, que se elevaba de los 21 millones de pesetas que señaló el convenio de 1941 a 230 millones de pesetas. Un importe desvinculado de cualquier parámetro objetivo de referencia y exclusivamente dependiente del acuerdo político. En segundo lugar, se exigía a la Diputación el pago de una compensación anual por la atribución al erario provincial de los rendimientos del Impuesto General sobre el Tráfico de las Empresas e Impuesto sobre el Lujo (salvo el que recae sobre el petróleo y sus derivados), lo que el propio Convenio denomina compensación por impuestos indirectos y cuyo inesperado comportamiento futuro iba a repercutir veinte años después en las negociaciones del siguiente Convenio. Y por último una compensación anual por la desgravación fiscal a la exportación satisfecha por el Estado a empresas que tributaban a la Diputación.
Para los años 1970 y 1971, las compensaciones variables citadas las fijó el propio texto en 390 millones y 80 millones de pesetas respectivamente. A partir de esta fecha las cuantías se determinarían según sendas cláusulas automáticas. Para la compensación por impuestos indirectos, según el tanto por ciento de variación de la recaudación total del Tesoro en el ejercicio inmediatamente anterior sobre el precedente y para la compensación por desgravación fiscal, de forma que se mantuviera la proporción existente entre la cifra de 80 millones señalada y los pagos efectivos que por este concepto hiciera el Ministerio de Hacienda durante 1969 a las empresas navarras. La aportación en su conjunto vino a suponer una cifra de 1.065 millones lo que equivalía al 41 por 100 del Presupuesto de la Diputación de 1970.