El Convenio Económico, al igual que el Concierto, ha planteado tradicionalmente instituciones para ayudar a las administraciones a modular sus relaciones y encauzarlas hacia posiciones de entendimiento y cooperación en las cuestiones que se derivan de la aplicación o interpretación de los propios textos. Se trata de órganos diseñados para la coordinación, concebidos siempre de acción bilateral, Estado - Comunidad Foral, y por tanto incompleta, como es fácil suponer para un escenario de cinco administraciones activas y competentes.
El número 4 del artículo 45 de la Ley Orgánica de Reintegración y Amejoramiento del Régimen Foral de Navarra (LORAFNA) quiere que "dada la naturaleza paccionada de los Convenios Económicos, una vez suscritos por el Gobierno de la Nación y la Diputación", sean "sometidos al Parlamento Foral y a las Cortes Generales para su aprobación mediante ley ordinaria." Se sobreentiende que la negociación política propiamente dicha corresponde al Gobierno de Navarra, pero compete al Parlamento de Navarra su aprobación mediante ley foral. Lo cual exige contar con la mayoría suficiente, de ahí que para la negociación del Convenio Económico de 1990 el Gobierno de Navarra arbitrara la fórmula, no prevista por la LORAFNA, de constituir una Comisión Negociadora integrada por miembros de los grupos políticos con representación en la Cámara. De este modo el visto bueno de la Comisión asegura de facto al texto resultante la superación del preceptivo trámite parlamentario. Ni la LORAFNA ni el Convenio Económico han previsto este instrumento de estricto carácter político que actúa auxiliada por una comisión técnica integrada por funcionarios de la Hacienda Foral elegidos por el Gobierno de Navarra. El Boletín Oficial de Navarra publica la composición de la Comisión Negociadora y el nombramiento de sus miembros pero sus acuerdos no son públicos, como tampoco lo son los de su homóloga en el Concierto Económico.