Según el Convenio Económico Navarra puede mantener, establecer y regular su propio régimen tributario. Para la exacción, gestión, liquidación, recaudación, inspección y revisión de los tributos que integran el sistema tributario de la Comunidad Foral, la Hacienda Pública de Navarra ostenta las mismas facultades y prerrogativas que tiene reconocidas la Hacienda Pública del Estado. El Estado se reserva la competencia exclusiva en materia de derechos de importación y de los gravámenes a la importación en los Impuestos Especiales y en el Impuesto sobre el Valor Añadido.
Estas competencias no son ilimitadas, el propio Convenio Económico fija dos tipos de límites a su ejercicio. Son los primeros principios generales que debe respetar la Comunidad Foral como los de solidaridad, atención a la estructura general impositiva del Estado, la coordinación, armonización fiscal y colaboración con el Estado y el sometimiento a los Tratados o Convenios Internacionales firmados y ratificados por el Estado español.
Los segundos fijan las reglas de la necesaria armonización fiscal. Así, al elaborar la normativa tributaria, Navarra debe adecuarse a la Ley General Tributaria en cuanto a terminología y conceptos, mantener una presión fiscal efectiva global equivalente a la existente en el resto del Estado, respetar y garantizar la libertad de circulación y establecimiento de las personas y la libre circulación de bienes, capitales y servicios en todo el territorio español, sin que se produzcan efectos discriminatorios, ni menoscabo de las posibilidades de competencia empresarial ni distorsión en la asignación de recursos, y utilizar la misma clasificación de actividades económicas que en territorio común.
Los tributos convenidos abarcan todo el sistema tributario y expresamente se citan los que siguen: Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas, Impuesto sobre Sociedades, Impuesto sobre la Renta de no Residentes, Impuesto sobre el Patrimonio, Impuesto sobre Sucesiones y Donaciones, Impuesto sobre el Valor Añadido, Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales y Actos Jurídicos Documentados, Impuesto sobre las Primas de Seguro, Impuestos Especiales, Impuesto sobre las Ventas Minoristas de Determinados Hidrocarburos, Tributos sobre el juego y Tasas.
Para cada uno de estos tributos, el Convenio establece los criterios de armonización o puntos de conexión, a menudo complejos, gracias a los cuales se deslindan las competencias de gestión sobre los sujetos pasivos o los hechos imponibles. Es la parte más extensa del texto legal.