La Comisión Coordinadora tiene origen en el Convenio de 1969 que creó dos: una para impuestos directos y otra para indirectos -la disociación respondía a la estructura orgánica del Ministerio en aquel momento- que luego se fundieron en una sola. La Comisión Coordinadora, regulada en el artículo 67 del Convenio, ha desempeñado sus funciones básicamente en asuntos del propio Convenio, como son los problemas derivados de su aplicación. Su competencia no alcanza, lo hemos dicho, la más cualificada misión de modificar el Convenio que se reserva a la Comisión Negociadora. La última modificación del Convenio (2003) ha introducido varios cambios en la Comisión Coordinadora. Sus competencias según el texto vigente son: realizar los estudios que se estimen procedentes para una adecuada articulación estructural y funcional del régimen foral con el marco fiscal estatal, facilitar a las Administraciones competentes criterios de actuación uniformes, planes y programas de informática, examinar los supuestos o cuestiones que se hayan planteado en materia de inspección entre la Administración del Estado y la de la Comunidad Foral, emitir los informes que sean solicitados por el Ministerio de Hacienda, el Departamento de Economía y Hacienda del Gobierno de Navarra y por la Junta Arbitral, examinar los problemas de valoración a efectos tributarios, evaluar la adecuación de la normativa tributaria al Convenio Económico con carácter previo a su aprobación, resolver las consultas que se planteen sobre la aplicación de los puntos de conexión contenidos en el Convenio Económico, determinar la aportación económica, tanto del año base como de los restantes de cada quinquenio, fijar la cifra de volumen de operaciones delimitadora del punto de conexión en Impuesto sobre Sociedades e Impuesto sobre el Valor Añadido para su actualización por ambas Administraciones, establecer el método para la cuantificación y liquidación de los ajustes por Impuestos indirectos, cuantificar la valoración anual, provisional y definitiva, del coste de las competencias ejercidas por la Comunidad Foral de Navarra en materia de policía y acordar los compromisos de colaboración y coordinación en materia de estabilidad presupuestaria.
La reforma de 2003 ha alterado las funciones de la Comisión Coordinadora por causa de la aplicación en la Comunidad Foral de Navarra de lo dispuesto en las leyes, orgánica y ordinaria, de Estabilidad Presupuestaria. En sus disposiciones finales primera y quinta respectivamente, se remitían a una posterior disposición de rango legal, que se decidió fuera el Convenio Económico. Y así se establece que la determinación del objetivo de estabilidad de Navarra corresponderá a la Comisión Coordinadora que dará traslado del mismo al Consejo de Política Fiscal y Financiera para su conocimiento. La Comisión Coordinadora también es competente para el análisis del cumplimiento de este objetivo y de las posibles medidas para la corrección de situaciones de desequilibrio. El objetivo de estabilidad de las Comunidades Autónomas de régimen común, así como su seguimiento, es competencia del Consejo de Política Fiscal y Financiera, órgano en el que toman parte la Administración del Estado y todas las Comunidades Autónomas. En la disposición adicional séptima se reconoce a la Comunidad Foral las facultades de tutela financiera respecto a las Entidades Locales que en cada momento desempeñe el Estado en esta materia en relación con la aplicación de la Ley 18/2001, de 12 de diciembre, General de Estabilidad Presupuestaria. La composición paritaria de la Comisión cuenta, según el artículo 67 del Convenio, con seis representantes de la Administración del Estado y otros seis representantes de la Comunidad Foral -no reclama que pertenezcan a la Administración- designados por el Gobierno de Navarra.
Como se ha adelantado, en esta materia la comparación con el Concierto ofrece algunas diferencias que tienen por causa el distinto grado de articulación de funciones, ya que el Concierto prevé un órgano inexistente en el Convenio cual es la Comisión Mixta (artículos 61 y 62 del Concierto Económico). De ahí que el análisis comparativo de sus funciones deba hacerse teniendo a la vista simultáneamente la Coordinadora del Convenio y las dos comisiones del Concierto, la Coordinadora y la Mixta.