Koordinazio Batzordeak bere jatorria 1969ko bi sortu zituen hitzarmenean du: bat zuzeneko zergetarako eta bestea zeharkakoetarako -bereizketak une artako ministerioaren egitura organikoari erantzuten zion-, geroztik bakar batean batu ziren arren. Koordinazio Batzordeak, hitzarmenaren 67. artikuluan araututakoa, bere zereginak batez ere hitzarmenaren beraren ezarpenetik eratorritako arazoei dagozkien gaiak direnetan bete izan ditu. Bere eskumena ez da, esan dugunez, Komisio-Batzordeari bakarrik dagokion hitzarmena aldatzeko zeregin kualifikatuenera iristen. Hitzarmenaren (2003) azken aldaketa Komisio- Batzordean aldaketa ugari sartu izan ditu. Bere eskumenak indarrean dagoen testuaren arabera, hurrengoak dira: estatuko marko fiskalarekin foru erabidearen hezurmamitze funtzional eta egiturazko egoki baterako beharrezkotzat joko liratekeen ikerketak egitea, informatika-programa eta plangintzak eta baita jarduerarako irizpide bateratuak dagozkien eskumeneko administrazioei erraztu, Foru Erkidegoaren eta Estatuko Administrazioaren arteko ikuskaketa-gaietan azaldu daitezkeen arazo edota hipotesiak aztertu, Arbitraje Batzordeak eta Nafarroako Gobernuaren Ogasun eta Ekonomia Sailak, eta Ogasun Ministerioak eskatu ditzaten txostenak ematea, ondorio tributu-ondorioetarako balorazio-arazoak aztertu, Ekonomia Hitzarmenari bere onarpenaz aurretik tributu-araudiaren egokitzapena ebaluatu, Ekonomia-Hitzarmenean diren lotura-puntuen aplikazioari buruz azaldu daitezkeen kontsultak erabaki, urte-oinarriko Ekonomia-Ekarpena, eta baita bost urtekoaren urte bakoitzarena ere, zehaztu, Sozietateen Gaineko Zergan eta Balio Erantsiaren Gaineko Zergan uztarketa-gunearen zehaztagarri den eragiketen bolumenari dagokion kopurua zehaztu Administrazio biei dagokien eguneratzean egiteko, Zeharreko Zergengatiko, doikuntzen likidazio eta zenbaketarako metodoa ezarri, polizia gaietan Nafarroako Foru Erkidegoak egikaritutako eskuduntzen kostuaren urteroko balorazioa zenbatu, behin-behinekoa eta behin-betikoa, eta aurrekontu-egonkortasunarekiko gaietan koordinaziorako eta elkarlanerako konpromisoak hitzartu.
2003ko eraberritzeak, Koordinazio-Batzordearen zereginak, aurrekontu-egonkortasunarekiko legeetan, organiko eta arruntean, ezarritakoa Nafarroako Foru Erkidegoan ezarri beharraren ondorioz, aldatu egin dira. Bere lehen eta bosgarren azken xedapenetan Ekonomia-Hitzarmenetik kanpo erabaki zen lege mailako geroztiko xedapen batera jotzen zuten. Horrela ezartzen da Nafarroako Egonkortasunerako helburuaren zehaztapidetza Komisio-Batzordeari dagokiola, honek Finantza eta Fiskalitate Politikarako Kontseiluari, jakitun izan dadin, dagokion jakinarazpena emanez. Koordinazio-Batzordea helburu honen betekizunerako azterketarako eta desoreka-egoeren zuzenketarako balizko neurrietarako ere eskuduna da. Bateango erregimendun Autonomia Erkidegoen egonkortasunerako helburua, Autonomia Erkidego guztien eta Estatuaren Administrazioak parte hartzen duten organo den Finantza eta Politika Fiskalerako Kontseiluaren eskuduntza da. Zazpigarren xedapen gehigarriak, Estatuak gai honetan abenduaren 12ko 18/2001 aurrekontuarekiko egonkortasunaren Lege Nagusiaren arabera, une bakoitzean udal erakundeekiko egikaritu dezakeen finantza-tutoretzarako eskubideak Foru Erkidegoari aitortzen dizkio. Batzordearen Osaketa Paritarioak, hitzarmenaren 67. atalaren arabera Estatuko Administrazioaren sei ordezkariz eta Nafarroako Gobernuak izendatutako beste hainbeste Foru Erkidegoaren ordezkariz -ez du eskatzen Administraziokoek izan behar dutenik- osatuta dago.
Aurreratu izan den bezala, gai honetan itunarekin erkatzeak eginkizunen artikulazio-maila ezberdina ziotzat duten ezberdintasun batzuk eskaintzen ditu, batez ere itunak hitzarmenean aurreikusten ez den organo bat aurreikusten duelako eta hori Batzorde Mistoa da (Ekonomia itunaren 61 eta 62 artikuluak). Ondorioz, bere zereginen azterketa erkatzailea Hitzarmenaren Koordinakundea eta Itunaren batzorde biak Koordinatzailea eta Mistoa, aldi berean begi-bistan izanda egin beharra dago.