El Seminario de Aguirre se estableció en 1853 en el local que había ocupado la Sociedad Vascongada de Amigos del País, fundado por el presbítero alavés Domingo Ambrosio de Aguirre, con la condición de ser eclesiástico y sin cualidad de conciliar. Tenían preferencia para ingresar los alaveses, guipuzcoanos, vizcaínos y navarros, además de los habaneros. De él habían de salir las sucesivas promociones de sacerdotes guipuzcoanos que terminó con la división de la Diócesis en tres (1949) y como consecuencia de la guerra. El Seminario de San Sebastián fue inaugurado en 1953 llegando a reunir en 1962 un total de 486 seminaristas incluido el Seminario Menor de Saturrarán en Motrico dedicado únicamente a los años primero y segundo de latín. Los estudios han comprendido la Latinidad, cinco cursos; la Filosofía, tres; y la Teología, cuatro. Modernamente con los nuevos cambios socio-políticos pasa el Seminario por una aguda crisis vocacional.