Entrando ya en tiempos históricos más conocidos encontramos a Guipúzcoa, en parte o en todo, bajo las diócesis de Bayona, Pamplona y Calahorra según el momento respectivo. Efectivamente, el arciprestazgo menor de Guipúzcoa y la cuenca del Bidasoa pertenecieron a la diócesis de Bayona hasta el siglo XVI y concretamente durante el reinado en España de Felipe II. Esta pertenencia a Bayona (distrito de Dax) parece indicarnos que la evangelización de esa zona vino del norte quizá desde tiempos muy antiguos ya que S. Severo, obispo de Auch, evangeliza a los vascones en el siglo V y S. Amando en el siglo VII: postea in vasconi seccedens gentilibus populis verbum salutis praedicabat. En cuanto a Pamplona sus primeros obispos fueron Juan (610) y Atilano (683). En el tratado de Andelot (587) aparece Bayona como civitas pero no como diócesis, aunque la ausencia de un obispo bayonés (Lapurdum) en los concilios galos puede explicarse por la situación de rebeldía del país. La pertenencia a Bayona de una buena parte del territorio guipuzcoano y valle del Bidasoa sin embargo no parece inferirse de las vicisitudes históricas del Reino de Pamplona y de su condado guipuzcoano; esa demarcación puede arrancar del siglo VIII cuando la Galia Comata abarcaba incluso Alava. La influencia de Bayona precede, sin duda, a la fundación del Reino de Pamplona en 824. Felipe II de España aprovecha en 1566 las circunstancias para desmembrar de esta diócesis las comarcas guipuzcoanas. Alegando el peligro hugonote, obtuvo del Papa Pío V la anexión a la sede iruñesa del arciprestazgo de Fuenterrabía y de la cuenca del Bidasoa. Ver BAYONA. En 1862, Guipúzcoa, Alava y Vizcaya fueron reunidas en la diócesis de Vitoria.