Intento real de recastellanizar la abadía. El 7 de octubre de 1632 el monasterio se unió a la Congregación de la Corona de Aragón, pese al reiterado intento de Felipe II de agregar los monasterios navarros a la congregación castellana con evidente intencionalidad política. Su segunda tentativa fue de elegir a los abades de Fitero entre miembros de la congregación castellana pero, el 23 de agosto de 1649, firmó una convención por la que tal dignidad se proveyó entre los frailes profesos en monasterios navarros. Durante éste y el siguiente siglo alcanzó la abadía un verdadero esplendor cultural patentizado en su biblioteca y en su elenco de frailes escritores como Marcos de Villaba, Ignacio de Ibero, Bautista Ros. Jerónimo de Alava, Vicente Arcaya y otros.