Fitero disputado por Castilla. El mencionado origen castellano del monasterio acarreó diversos enfrentamientos armados entre los dos reinos e incluso el de Aragón. Uno de los más violentos se encendía durante el reinado de Juana II (1328-1349). En 1332, al negociarse la delimitación exacta de la raya fronteriza, la comunidad religiosa estaba dividida entre castellanófilos y navarrófilos. Tudején y Fitero fueron ocupados por los castellanos que tomaron a saco la zona. Mientras, en defensa de Navarra, acudió Gastón IX del Béarn hasta que el 28 de febrero de 1336 el arzobispo de Reims pudo interponer sus buenos oficios logrando reunir cerca de Viana a embajadores de todas las partes. Los árbitros de Castilla fueron Alfonso Ferrández Coronel, alguacil mayor de Sevilla, y Rui Díaz, deán de Salamanca, y los de Navarra D. Juan Martínez de Medrano y Martín Sánchez de Artaiz, enfermero de Santa María de Pamplona, y por quinto eligieron a D. Jacobo, cardenal de la iglesia de Roma. Por parte de Castilla se alegaba ante los árbitros, entre otras cosas, que el monasterio estaba fundado en los términos de Castilla y su jurisdicción; que los reyes de Castilla recibían yantar en el monasterio; que sus merinos recibían también mula y vaso de plata del abad y monjes; que cuando acaecieron muertes los oficiales del rey de Castilla hicieron justicia; que en Fitero corría la moneda castellana como moneda de su rey; que los abades y monjes del Císter contaban al monasterio como del señorío de Castilla y acudían a sus capítulos generales; que cuando había guerra, entre Castilla y Aragón, los aragoneses robaban al monasterio como a lugar de Castilla. Por parte de Navarra se dijo que el monasterio estaba situado en su territorio dentro del término de Corella; que los monjes comparecían en las Cortes de Navarra siempre que eran llamados; que sus reyes tomaban en el monasterio una cena cada año; que habían cobrado el peaje de los vecinos de Castilla en el mismo monasterio; que los navarros habían destruido una población que los castellanos comenzaron a hacer cabe el castillo de Tudején; que cuando los reyes de Navarra, y otros nobles, dejaban en sus testamentos alguna manda a todos los monasterios del reino, el de Fitero llevaba su parte. Rotas nuevamente las hostilidades entre Castilla y Navarra, el litigio fue sometido en 1373 al arbitraje del delegado del Papa, Guido de Bolonia, que declaró a favor de Navarra, sentencia de efectos ya definitivos. Los monjes de Fitero se hicieron cargo desde entonces de la tenencia del castillo. Tudején puede darse ya como despoblado en el siglo XIV pese a los esfuerzos efectuados para evitarlo a lo largo del siglo XIII.