Jatorrizko eredu suediarrari jarraituz, Arartekoaren erakundea pertsonabakarreko organo bezala eratzen da, hau da, pertsona fisiko batek, gizon zein emakume, betetzen du kargua. Mementu honetan Arartekoa Iñigo Lamarca Iturbe da (orain dela gutxi, bigarren aldiz aukeratua), aurretik kargua Juan San Martín Ortíz de Záratek (1989-1995), Xabier Markiegi Candinak (1995-2000) eta Mercedes Agúndez Basterrak (2000-2004, funtzioetan) bete dutelarik.
Hala ere, eta Administrazioaren parte hartzea bizitza sozialeko arlo gehienetara hedatu den heinean, ezinezkoa da pertsona bakar batentzat AESAL-ek Arartekoari egozten dion lana burutzea. Horregatik Arartekoak herritarrei eskaintzen dien zerbitzu publikoa, euskal herriaren defendatzaileak berak, erakundearen zuzendari gisa; Arartekoa laguntzen eta ordezkatzen duen ondoko batek, eta aholkulari eta zerbitzu administratibo eta logistikoen ardura dutenen artean, 45 pertsona baino gehiagok eskaintzen dute. Guztiek Arartekoaren Bulegoa osatzen dute.
Arartekoaren ondokori erreparatuz, azken hau hark askatasun osoz izendatzen eta kentzen du, euskal Parlamentuaren aurreko adostasunez, biak Euskadiko Aldizkari Ofizialean publikatzen direlarik. Behin izendatuta, Arartekoaren estatutu juridiko bera (bateraezintasunak, bermeak) aplikatzen zaio, hark lanaren antolakuntzaren arabera bere funtzioak bere ondokoan eskuordetu ditzakelarik. Gainera, ondokoak Euskadiko defendatzailea ordezkatzen du, kargua utzik dagoenean edo haren ezintasun fisiko edo hura denboraldi baterako desagertzean. AESAL-ek berariaz debekatzen du Parlamentu, Gobernu edo Kontseilariekin harremana edo haien aurreko jarduera eskuordetzea (8.3 artikulua). Beraz, Arartekoarentzat erakundearentzako ezinbestekoak diren harremanak erreserbatzen dira.
Azken urteotan, zehazki 2004tik, Arartekoaren ondokoaren kargua Julia Hernández Valles-ek betetzen du (honek ere, bigarrenez).
Arartekoaren Bulegoa, organikoki, Aholkularitza Juridikoan, erakundeak bere funtzioak betetzeko behar duen lankidetza tekniko-juridikoa ematearen arduraduna, eta Administrazio eta Pertsonalaren Zerbitzuan antolatzen da. Azken honi, berriz, erakundearen kudeaketa ekonomikoa (bere aurrekontuaren proiektua prestatu eta berau kudeatzen du) eta laguntza administratiboa dagokio. Biak Arartekoaren konfiantzako pertsona batek zuzentzen ditu (Aholkularitza Juridikoaren Burua eta Administrazio Zerbitzuaren Burua, hurrenez hurren). Administrazio eta Pertsonalaren Zerbitzuak Erakundearen Errolda Orokorraren eta Artxibo Atalaren ardura duen bitartean, Aholkularitza Juridikoa, eremu espezializatuetan antolatuta (pertsona nagusiak, adingutxikoak, gizon eta emakumeen arteko berdintasuna, kartzelatutako pertsonak, inmigranteak, minusbaliotasundun pertsonak eta buruko gaixotasun edo gaisotasun kronikodun pertsonak), euskal herritarrek erakundearen aurrean aurkeztutako kexa eta erreklamazioak izapidetzeaz eta ikerketak eta txostenak egiteaz arduratzen da.
Arartekoaren Erakundearen antolaketa eta funtzionamendu Erregelamenduak beste bi organo aurreikusten ditu euskal ombusman-aren barnean: Koordinazio eta Barne Eraentza Junta eta Informazio Bulegoa.
Lehenengoa, Arartekoak presiditzen du, eta beronek, bere ondokoak, eta Aholkularitza Juridikoko eta Administrazio eta Pertsonalaren Zerbitzuko buruek osatzen dute. Organo aholkularia da, Euskadiko defendatzailearen barne funtzionamenduarekin harremana duten kontu guztietan informatu behar duelarik. Era berean, Arartekoak Parlamentu autonomikoari aurkezten dizkion urteko Txosten edo ez-ohiko Txostenak ezagutu eta beraien inguruan informatu behar du.
Informazio Bulegoaren lana da euskal herritar guztiei Arartekora sarbidea erraztea.
Arartekoari bere lanean laguntzen dioten pertsonen multzoa osatuz, berau eta beronen ondokoa alde batera eginez, erakundean lan egiten duten gainerako gizon eta emakumeak aholkulariak eta konfiantzazko pertsonak -Arartekoak berak aukeratuta, esklusiboki honi aholku ematera dedikatzen dira, Euskal Parlamentuko konfiantzako langilegoari aplikatzen zaion eraentza bera aplikatzen zaielarik- edo pertsonal arrunta, Euskal Parlamentuko langilegoaren parte, dira (AESAL-en 38 artikulua).