La confirmación de los Fueros para las Provincias vascongadas, tras la primera guerra carlista, (Ley de 25/10/1839 y R.D. de 8/7/1844), supuso la recuperación de las competencias sobre instrucción primaria que se consideraron que correspondían a los municipios, como ya era tradición aceptada. Los ayuntamientos ejercían plena autonomía y control tanto sobre los nombramientos de maestros, como sobre la regulación de otros aspectos de la enseñanza. Prueba de ello son los diferentes reglamentos provinciales establecidos en los territorios históricos. De esta forma las corporaciones provinciales tenían atribuciones tanto en la instrucción pública como en el ramo de la beneficencia, el fomento, la hacienda o la salud pública. Desde este momento, y hasta la perdida de los Fueros en las tres Provincias Vascongadas, podemos hablar de un periodo en el que se respetaron, en mayor o menor medida, los Fueros de cada uno de los Territorios vascos. Para entonces Navarra ya se había incorporado a la administración general del Estado español e Iparralde había perdido cualquier vestigio foral con la Revolución Francesa. Dejamos fuera de este artículo todo lo referente al periodo anterior a la primera Guerra carlista, en asuntos tan relevantes como las escuelas municipales, la conducción y nombramiento de maestros, la Junta Superior de Educación de Navarra o las políticas de creación de las escuelas mutuas en Bizkaia y Gipuzkoa, por tratarse de un marco político y administrativo regido por otras criterios históricos.
A pesar de la existencia de este marco jurídico, la acción del gobierno central era escasamente respetuosa con los principios que regulaban los fueros. No obstante, puede apreciarse que la administración del Estado recurría a menciones específicas que excluyesen de la normativa general a las Provincias Vascongadas y Navarra, a fin de que no se aplicasen en estos territorios aquellas disposiciones que pudiesen ser susceptibles de contrafuero. Los reales decretos suspendiendo la aplicación de la normativa general, que se irán sucediendo a lo largo del siglo XIX, son pruebas suficientes de las adecuaciones legales por parte del gobierno, que en su afán centralizador y uniformista, no tomaba en consideración las peculiaridades del País Vasco.