La aplicación de la ley de 21 de julio de 1838, para establecer un Plan sobre Instrucción Primaria en todo el Estado español, encontró dificultades para su aplicación en el País Vasco, pues significaba inmiscuirse en la autonomía de los Ayuntamientos. No obstante, se irá apreciando una adecuación a las exigencias de dicha ley, a pesar de las protestas, como lo demuestra la Circular del Gobierno político de la Provincia de Álava, dando instrucciones a los Ayuntamientos para el cumplimiento de dicha ley, ya que se había observado que "los Ayuntamientos constitucionales no preceden en el nombramiento de maestros para las escuelas públicas de instrucción primaria con la correspondiente regularidad y en los términos prevenidos por la ley" (Boletín Oficial de la Provincia de Álava, Nº 97, de 6 de diciembre de 1842). Por otra parte, también por orden de la Regencia de 14 de marzo de 1842, se mandó que rigiese también en el País Vasco la ley general de instrucción de 18 de junio de 1838. Sin embargo, a través del Real Decreto de 8 de julio de 1844 se mandaba que se suspendieran los efectos de dicha ley, de acuerdo con la confirmación de los Fueros.
Este tipo de prácticas pone de manifiesto la pretensión por parte del Gobierno central de legislar para todo el Estado, al margen de la vigencia de los Fueros, especialmente en las funciones de control, a través de la inspección. En este sentido, y con motivo del R.D. de 30 de marzo de 1849, sobre creación del cuerpo de inspectores, trajo como consecuencia el nombramiento de inspectores para estos territorios, según Reales Órdenes de 26 de mayo de 1849, recayendo en las siguientes personas: Benigno Lacunza, discípulo del Seminario Central y director de la escuela normal de la provincia por Álava; Pedro Vicuña, segundo maestro de la escuela normal de Pamplona para Gipuzkoa; Jorge García Medrano, alumno de la escuela central y segundo puesto de Logroño para Navarra y Julián Ordozgoiti, discípulo del Seminario Central y segundo maestro de la escuela normal de Álava, para Vizcaya. Este proceso en el nombramiento de inspectores supuso una oposición por parte de las Diputaciones hasta la aprobación de la Ley Moyano en 1957.
El rechazo por parte de las Provincias Vascongadas, si bien no fue conjunto, sí unánime, pues la diputación de Bizkaia dirigirá exposiciones a la Reina solicitando que no entren en rigor las disposiciones derivadas del mencionado Real Decreto. Los argumentos básicamente son idénticos de dichas exposiciones: defensa de las peculiaridades forales en la materia de instrucción pública, características geográficas y demográficas y, sobre todo, que dado lo menguado de la población en las tres provincias vascas, que se las considere como una sola, de manera que fuese nombrado un sólo inspector para los tres territorios y que fuesen dos los alumnos que hubieran de asistir como becados al Seminario Central de Maestros para formarse como directores de las diferentes escuelas normales que se pretendían crear en todas las provincias. Tanto la exposición de la Diputación de Álava, de fecha 21 de julio de 1849, como la de Bizkaia, de 8 de agosto, solicitaban que quedaran sin efecto tales disposiciones. (según el "expediente formado con motivo de la R.O. de 6/7/1849 relativa al nombramiento de inspector". Archivo general de la Administración del estado, legajo 1849).
Con fecha de 5 de septiembre de 1849, se informará a la Diputación de Gipuzkoa de una conferencia celebrada en Bilbao entre representantes de las diputaciones de Álava y Bizkaia, sobre el poco éxito obtenido en las gestiones, ya que continuaron nombrándose los inspectores previstos. Una resolución de 1852 mantendrá un sólo inspector para las tres provincias vascas. La ley Moyano de 1857, recogiendo estas aspiraciones, en su artículo 299, ordenará que:"En cada provincia habrá un inspector de escuela de primera enseñanza, las tres Provincias vascongadas tendrán un sólo inspector". Esta excepción en un asunto tan importante como es la inspección, que en definitiva tenía tareas encomendadas sobre la vigilancia y control de la acción del gobierno en las escuelas, marca de alguna forma tanto las competencias del Estado, como el control reconocido a las corporaciones provinciales. Todo ello al margen de que este conflicto se solucionase en 1859 estableciendo un inspector por cada una de las provincias vascas.
No obstante, el momento más conflictivo, con respecto a las relaciones entre los territorios vascos y el gobierno central, en los asuntos de enseñanza primaria, se produjo con motivo de la aprobación de la ley Moyano. Algunas de las disposiciones contenidas en dicha ley fueron motivo para la formación de un frente común, entre las tres provincias hermanas, contra el gobierno de la monarquía española, ya que consideraron que se había producido un motivo para reclamar ante la reina el contrafuero. Las diputaciones eran explícitas en sus argumentos en el memorial que dirigieron a la Reina con respecto a la prevista aplicación de dicha ley en los territorios vascos, "por cuanto se opone abiertamente a las instituciones que han sido reconocidas al país" (Archivo Foral de Álava, Expediente sobre las novedades que la Ley de Instrucción Pública de 9.9.1857 va a causar a los establecimientos de enseñanza del país vascongado..., Legajo DH-140-27). Además estas reformas, entendían los diputados vascos reunidos en Bergara, eran conducentes a que "desaparezca su sistema peculiar administrativo, nivelándolas con las demás del Reyno, desentendiéndose completamente de la ley de 25 de octubre de 1839".
Esta situación dio lugar a la creación de unas "Bases para el arreglo y organización del ramo de instrucción pública en las tres provincias vascongadas", tras la publicación de la ley Moyano. Ante los escritos y reuniones de los representantes provinciales con personajes del Ministerio, dicho ministerio publicó el R.D. de 4 de julio e 1859, en el que se recogen básicamente las reivindicaciones presentadas por las provincias vascas. Consecuentemente, se modificarán aquellos artículos que hacían referencia a los siguientes temas en conflicto: composición de la junta provincial de instrucción pública; nombramiento y retribución de los maestros; nombramientos de las juntas locales; inspectores y número de escuelas normales. Además de los argumentos políticos, lo que subyacía en todo el memorial eran cuestiones de índole económica: un solo inspector, una sola escuela normal, que sin duda abarataban los costes de instalación. Aspectos todos ellos de considerable importancia para el control de la enseñanza primaria y que intentan satisfacer los deseos de las provincias vascongadas, pero también uniformarlas lo más posible a la ley de instrucción entonces vigente.
Con respecto al tema de la inspección, todavía en 1861 la Diputación de Álava se quejaría a la de Bizkaia de tal acuerdo ya que: "el país tiene que pagar tres empleados, cuando con uno sólo dejaba cubierto el servicio y cumplía las ordenes del Gobierno supremo" (Archivo Foral de Álava, Expediente sobre las novedades que la Ley de Instrucción Pública de 9.9.1857 va a causar a los establecimientos de enseñanza del país vascongado, Legajo DH-140-70). Téngase en cuenta la importancia que fue adquiriendo la inspección para favorecer los procesos de castellanización a través de sus visitas a las escuelas, sobre todo en el caso de Gipuzkoa. El caso de las escuelas normales es más pintoresco, pues se aprecian dos modelos diferentes en las cuatro provincias. Mientras Navarra y Álava son fieles a las propuestas de creación de escuelas normales (manteniendo tanto la escuela para maestros como para maestras), Bizkaia mantuvo una escuela normal para maestros hasta 1902, y Gipuzkoa es, junto con Castellón, la única provincia del Estado que no tuvo permanentemente una escuela normal. Esta situación anómala tendría como consecuencia que los aspirantes a formarse como maestros tuviesen que emigrar a Pamplona o Vitoria. También es una muestra del escaso interés en la formación del magisterio. Desde esta perspectiva se entiende la llegada de maestros de fuera del país, desconocedores del euskara y las escasas vocaciones hacia la profesión docente.
A partir de ese momento (desde 1859 hasta 1868) no se aprecian momentos conflictivos entre el gobierno central y los territorios vascos, ya que rigen una serie de normas administrativas que se van aplicando. Así pues, la aplicación de la legislación estatal no produjo un enfrentamiento destacable. La permanencia en esta situación legal y administrativa, no evitó otro nuevo conflicto similar al producido por la publicación de ley Moyano. Este motivo fue la aprobación de la ley de 2 de junio de 1868, de Severo Catalina, que tan buena acogida tuvo por el clero vasco. Así, puede apreciarse cierto respeto hacia las instituciones forales, aunque no se excluye que se aceptasen otros órdenes de entendimiento entre quienes ejercían el control de la enseñanza. Si bien la mentada ley no entró en vigor prácticamente, debido a la revolución de septiembre, ello no fue obstáculo para que las diputaciones volviesen a dirigirse nuevamente a la Reina solicitándole el respeto a las peculiaridades vascas, en términos similares a los expuestos en 1857. Puede apreciarse que los diputados vascos tienen muy presente el memorial de 1857, pues hay expresiones idénticas en ambos documentos.
La segunda guerra carlista y las divisiones entre la población en muchos pueblos de Euskal Herria, entre los partidarios liberales y carlistas, conllevó toda una serie de enfrentamientos, por el dominio hegemónico, también en el terreno educativo. Lo más sobresaliente de este periodo de vigencia de los Fueros, hasta su pérdida en 1876, fue el establecimiento de un sistema educativo que reivindicaba las esencias de la ideología carlista, en defensa de la religión y el euskera.