Ya en Madrid de nuevo, le llegó su primer Premio Nacional de Música por Cuarteto de cuerda núm. 1 el año 62, fecha de composición de sus controvertidos Espacios variados (revisados en el 69) y del trágico fallecimiento de su padre. Esta última obra tuvo una acogida convulsa, acarreando relativo escándalo en su estreno catalán -al decir de uno de sus maestros "... A partir de entonces el nombre de Bernaola sería ya famoso" [Gerardo Gombáu]-. Imperio de la combinatoria de soluciones musicales abiertas parcialmente al ejecutante. Surgen así, la canción Pontevedra y Superficie núm. 2, (ambas del 62) y núm. 3 (63). Este mismo año vieron la luz, Morfología sonora para piano y grupo instrumental, que se adentra en el conflicto "música versus pintura", una página para guitarra, Permutado, junto a Heterofonías (65) y Músicas de cámara (67) que obtuvieron, en su temporada, el Premio Juventudes musicales a la mejor obra española estrenada en Madrid.
Episodio ["San Mateo"] (64), sobre la degollación de los inocentes, fue encargo del Aula de música del servicio de educación y cultura e inauguró la vertiente religiosa de su catálogo, a resultas de su condición de consejero musical del Arzobispado en Madrid. De este año es también Mixturas (64) para orquesta de cámara; luego vendrán la percusiva Traza (66), el encargo del Secretariado Nacional de Liturgia para la Semana internacional de música religiosa de Pamplona -Universa laus: Procesional de entrada (67) -canto litúrgico incluido-, una obra electrónica Jarraipen (Sucesión) (67), Dos canciones, Continuo para piano y Superficie núm. 4-Cuarteto de cuerda núm. 2 (estas últimas del 68).
Este periodo fue, por otra parte, de gran fertilidad para su actividad como músico de cine, ya desde su iniciación en el año de nacimiento de se tercer hijo, homónimo -Carmelo-, 1965, Crónica, Torremolinos de Antonio Giménez Rico. El año siguiente firma ya casi una decena de trabajos para el séptimo arte en una febrilidad sólo superada, en este aspecto, diez años después y que se vería recompensada muy pronto: Premio a la mejor música del Círculo de escritores cinematográficos (del 67), galardón que volvería a repetir en los certámenes de 1969 y 72 y, posteriormente, con el Premio nacional de música cinematográfica (1969 y 73).