Es necesario, en primer lugar, destacar el enorme esfuerzo de Bonaparte por conocer y estudiar la totalidad de las hablas vascas. Se desplazó cinco veces a Euskal Herria desde Londres, su lugar de residencia habitual, y en ocasiones hizo que personas del País Vasco fueran a trabajar a su lado a Inglaterra. Se dice, además, que alcanzó un conocimiento práctico del euskara más que aceptable.
En definitiva, la clasificación dialectal propuesta por él es, en general, sensata y correcta, pero tiene el defecto de que se sirvió de unos pocos hechos diferenciales -por lo general de uno solo- para establecer los límites entre los dialectos. Esta decisión tuvo tres tipos de repercusiones negativas que detallamos a continuación.
Por un lado, hablas que en general eran muy similares quedaron segregadas en dialectos diferentes por presentar alguna de esas pocas diferencias que Bonaparte estimaba fundamentales. Esto queda patente en las hablas de la Baja Navarra y de Lapurdi, que a pesar de su elevado nivel de homogeneidad fueron divididas en tres dialectos: labortano, bajonavarro occidental y bajonavarro oriental. Las razones esgrimidas para ello fueron las siguientes: 1) la presencia de unas formas verbales peculiares en el tratamiento con personas de confianza (dos tipos de voseo, denominados en euskara "zuketa" y "xuketa"); 2) los diferentes resultados del contacto de las vocales u y a (burua/buruya/buria 'cabeza'); 3) el sufijo interrogativo -a; 4) el verbo ukan (en oposición a izan) y 5) formas verbales que han reducido el diptongo -ai- a -i- (niz por naiz 'soy').
Algo similar sucede en Navarra, donde Bonaparte estableció dos dialectos, el altonavarro septentrional y el meridional, basándose en tres hechos que ni siquiera se cumplían de modo sistemático en el segundo de ellos: 1) la pérdida de la -i- intervocálica (bea por behia 'vaca'); 2) la presencia de g- inicial en los demostrativos (gau, gori, gura por hau, hori, hura 'este/ese/aquel') y 3) la ausencia de la -n final en las formas verbales de pasado (zue por zuen 'tenía', ze por zen 'era').
El caso es que en clasificaciones posteriores a la de Bonaparte, como en la de Resurrección Mª Azkue (1905: xvi-xvii), se propusieron seis dialectos en lugar de ocho. En realidad esta opción también la admitía el propio Bonaparte (1869: 226) y, sin duda, refleja con mayor exactitud la realidad dialectal vasca.
La segunda consecuencia negativa fue la de clasificar erróneamente algunas hablas fronterizas. Es lo que sucede, por ejemplo, en algunas zonas guipuzcoanas y navarras. Para delimitar los dialectos de Navarra, Gipuzkoa y Bizkaia, Bonaparte se sirvió de un único rasgo: la vocal de la raíz del presente de indicativo del verbo *edun 'tener'. En su opinión el dialecto vizcaíno tenía la raíz -o- (dot 'tengo'), el guipuzcoano tenía -e- (det) y el navarro tenía -u- (dut). De ahí que el habla de Elgoibar, por ejemplo, se incluyera en el dialecto vizcaíno, la de Lezo en el navarro y la de Etxarri Aranaz en el guipuzcoano, lo que posteriormente ha sido corregido o, por lo menos, discutido por otros investigadores.
La tercera consecuencia negativa fue la de delimitar los dialectos de una manera tajante, sin tener en cuenta la existencia de hablas de transición que poseen características de dos o más dialectos, algo que es habitual en materia lingüística. Es, por citar un ejemplo, lo que ocurre con el habla de Elgoibar que, a pesar de tener la vocal -o- en la raíz del verbo 'tener', como el dialecto vizcaíno, presenta otras muchas características que la alejan de ese dialecto y la acercan al guipuzcoano.