En el plano musical, encontramos la misma voluntad de afirmar la condición de los vascos, apoyándose en elementos considerados como característicos cuya especificidad se basa en la antigüedad (real o supuesta) y en la diferencia con respecto a otras culturas vecinas. Desde Herder, en toda Europa se considera que el canto popular es el espejo del pueblo, que expresa el "alma" de cada nación. Además, en el País Vasco el canto se constituye, a lo largo del siglo XIX, como un marcador de identidad: los vascos, que hasta entonces eran conocidos por su agilidad y sus cualidades en la danza, se convierten en "un pueblo que canta". Por tanto, se estima que la música tradicional es la mejor expresión (puesto que es la expresión directa) de las características físicas, psicológicas y morales del país y de sus habitantes, y el canto popular se convierte en el elemento básico de una ópera que se reivindica como "vasca" (en algunas obras se reserva un lugar particular al zortziko, considerado desde el siglo XIX como la particularidad musical vasca más llamativa).
Sin embargo, su empleo no es uniforme y va evolucionando con el tiempo. De este modo, las primeras obras manifiestan frecuentemente la necesidad de una justificación para insertar el material popular: éste es empleado en su totalidad (letra y música), haciendo referencia al título o al contenido de la obra (la melodía Chanton Piperri, por ejemplo, se incluye en la ópera del mismo nombre). Después este proceso se vuelve más flexible pero a menudo se conserva una voluntad de pertinencia en el préstamo. Luego, la cita abandona su texto de origen para recibir la letra de la ópera o para ser utilizada en una página sinfónica.
Con el empleo del tema popular como leitmotiv se da un nuevo paso hacia delante. Entonces se transforma en función del desarrollo psicológico y dramático de la obra. No es el gran wagneriano Resurrección María de Azkue quien emplea con mayor frecuencia este procedimiento, sino Jesús Guridi y José María Usandizaga: tres compositores formados en la Schola Cantorum de París, punto de convergencia entre una enseñanza y una estética que entonces eran autoridad, y de las tradiciones musicales de las diferentes regiones y naciones europeas de las que proceden los alumnos. Este procedimiento también acerca las ideas de Felipe Pedrell, para quien "el drama lírico nacional es el canto popular transformado", sobre todo por medio del leitmotiv. Por último, los compositores se separan del propio préstamo popular y tienden a reproducir sus características. Generalmente, es más bien una cuestión de imitación y de mimetismo, y no de creación de un verdadero "folklore imaginario". No obstante, debemos a José Olaizola la composición, basándose en este principio, de Oleskari zarra, considerada por muchos como "la más vasca de las óperas vascas".
Por tanto, se ha pasado, sobre todo gracias a esta evolución en el tratamiento del material tradicional, del popurrí de cantos populares a obras más personales y más complejas. No obstante, para el compositor es importante conocer bien el folklore musical, y es interesante ver que el éxito de las obras creadas en Bilbao en 1910 hizo que un diputado propusiera un concurso de recopilaciones de cantos populares, para que los compositores pudieran disponer de un corpus considerable (que hasta entonces estaba compuesto por algunos cancioneros publicados desde los años 1860). Se sabe que los laureados de ese concurso fueron Resurrección María de Azkue y el Padre Donostia, quienes presentaron cerca de 2.400 melodías, y su labor es la base de la etno-musicología vasca moderna.
También se recurre a otros elementos para dar un carácter vasco a este teatro lírico, como la utilización o la imitación de instrumentos naturales, la importancia del aspecto coreográfico (la danza vasca casi siempre está presente y, generalmente, integrada en la acción por medio de la representación de fiestas o romerías), el lugar reservado a la voz: voz solista, dando prioridad al tenor (en la línea de la ópera del siglo XIX, pero también de conformidad con la creciente imagen del "tenor vasco" que se crea en el mismo momento que la de "bajo ruso" y del cual Madame Bovary es un buen ejemplo); también la voz del coro, encarnación del pueblo vasco en el escenario, que interviene en las primeras obras en forma de un coro de hombres y, más tarde, admite a las mujeres en las corales a principios del siglo XX, bajo la forma de un coro mixto eventualmente acompañado de un coro de niños. La importancia de las intervenciones corales procede del papel desempeñado por ciertos grupos vocales en el proceso de creación y de representación de las óperas (en particular, la Sociedad Coral de Bilbao, pero también, en menor medida, el Orfeón Donostiarra y el Orfeón Euskeria), y del lugar que ocupan los coros en el tejido socio-musical vasco a partir de la segunda mitad del siglo XIX, tal y como lo señaló María Nagore para las provincias meridionales.