El logro más importante de todas estas temporadas fueron las dos ocasiones en las que se alcanzaron los cuartos de final de la Copa, en las temporadas 1977-78 y 1978-79. Barcelona y Valencia fueron, consecutivamente, los verdugos de los alavesistas en la competición del KO.
Asentado en la Segunda División, el Deportivo Alavés inició una década de los ochenta en la que iba a pasar algunos de los momentos más críticos de toda su historia. En junio de 1983, tras haber logrado la temporada anterior evitar el descenso, por falta de pago del Burgos, se materializa la pérdida de la categoría para estrenar una nueva, la Segunda B.
Técnicos como Quílez, Naya, Mané, Neme y Nando Yosu se sucedieron en la dirección del equipo en Segunda B. Sin embargo, el conjunto babazorro no logró recuperar la categoría y, tras temporadas en la Segunda B, al finalizar la campaña 1985-86 el Deportivo Alavés desciende por impago a sus jugadores. Nadie hizo un mínimo esfuerzo para tratar de evitarlo y el equipo vitoriano comenzó la temporada 1986-87 en Tercera División, en la que permaneció durante cuatro campañas.
Alberto Uriona, Iñaki Espizua y Juan Mari Begoña se sucedieron en el banquillo alavesista. Tras ellos llegó Luis Astorga, quien por fin logró llevar el equipo a Segunda División B en la temporada 1989-90.
Precisamente en esa temporada 89-90 se produjo un punto de inflexión importante en el rumbo a tomar por el Deportivo Alavés. Con Gonzalo Antón al frente y con Juan Arregui como presidente, un nuevo grupo de empresarios, procedentes del sector de la hostelería, entran a formar parte de una directiva ambiciosa e ilusionada.
Con la urgencia de abandonar cuanto antes ese peregrinaje por los campos de Segunda B, el equipo gasteiztarra disputó el play off por el ascenso en las cinco temporadas en las que estuvo en dicha categoría. Finalmente, el 21 de junio de 1995, en Jaén, el equipo que por aquel entonces dirigía Txutxi Aranguren logró el necesitado y perseguido ascenso a Segunda División.
En su regreso a la categoría de plata. Desde el club, el objetivo marcado para la plantilla fue el de lograr mantenerse en la categoría y sentar así las bases de un proyecto deportivo ambicioso. Aquella temporada fue ilusionante. La entidad albiazul abrió sus fronteras y llegaron a Vitoria jugadores extranjeros prácticamente desconocidos.
Mestrovic, Ozegovic, Alicarte y Marcelo fueron las cuatro contrataciones foráneas para aquella temporada. Sin embargo, pronto llegó la desilusión. Los resultados no acompañaron al equipo en el inicio de la temporada 96-97 y no tardó en llegar el nerviosismo y las críticas a un equipo con demasiados problemas. Los refuerzos extranjeros no habían resultado claves y el equipo comenzó a rondar los puestos preocupantes de la clasificación de Segunda División.