Un paso por Tercera División que en los años venideros iban a ser su compañero de viaje. Ya que en el estreno de la década de los 60, el Deportivo Alavés consiguió de nuevo el ascenso a Segunda tras una gran campaña. No en vano, la alegría duró sólo tres temporadas ya que tras una buena actuación en 1961-62, el equipo comenzó a decaer y en 1963/1964 volvió a descender a la división de bronce del fútbol español.
En las dos siguientes campañas, el Glorioso intentó por todos los medios recuperar la división perdida aunque sin conseguirlo. Además, en 1966-67 nuevos problemas en la directiva albiazul presagiaron una nueva desaparición aunque jugadores y técnicos lucharon por continuar en activo.
Los esfuerzos no fueron en balde y en la temporada 1967-68 se consiguió el ascenso al ser campeón de la categoría y al ser invencible en la promoción de ascenso. Este logro caló hondo en la afición albiazul y 4.000 fueron los socios que se inscribieron para disfrutar del equipo de su corazón. Además, el cuerpo directivo contrató a Puskas como secretario técnico del club para afianzar un nuevo proyecto babazorro. Pero ni los más agoreros pudieron predecir que tan sólo dos años después el Deportivo Alavés recalaría en Regional, una categoría impensable hace pocas temporadas.
Bajo la dirección de Galarraga, en la campaña 1973-74 se consigue el tan ansiado ascenso a Segunda División. Para entonces un grupo de directivos formado por Gauna, Arcaute Arregui y Lalastra dirigen el club con las miras puestas en estar lo más arriba posible dentro del fútbol estatal.
El equipo se consolidó en la División de Plata del fútbol español como uno de los conjuntos más potentes de la categoría. Y por sus filas pasaron jugadores de gran prestigio. Hombres como Ortigosa, Valdano, Pavón, Urquía, Uriona, Sánchez Martín, Pereira, Salamanca, Alexanco, Morgado, Igartua, Badiola, Astarbe, Requejo, Basauri, Señor o Eloy defendieron en esta década de los setenta la camiseta albiazul.