En su primera participación en Primera División (temporada 1930-31), el Deportivo Alavés era consciente de los potentes rivales a los que se tendría que enfrentar. Con cierta cautela afrontó el nuevo reto que le encaminó a una octava posición, a dos puestos del descenso. En la siguiente campaña, el 'Glorioso' pasó más apuros para mantener la categoría en la que tuvo que sudar hasta el último partido ante el Real Unión para librarse de recalar en Segunda División.
Un sufrimiento que continúo en su tercera temporada en la máxima categoría y que su desenlace no fue otro que el descenso. En esta ocasión el todopoderoso Real Madrid fue el campeón de Liga marcado muy de cerca del Athletic que consiguió el subcampeonato.
La perdida de categoría fue el detonante de lo que ocurriría en los próximos años ya que el Deportivo Alavés sufrió multitud de problemas tanto económicos como deportivos. El éxodo de muchos jugadores provocaron que se debilitará la plantilla y por ende, trajo muchos altibajos en las venideras temporadas.
De esta forma, en tres años (temporada 33-34) el 'Glorioso' descendió a Tercera e incluso estuvo a las puertas de que el club desapareciera. No en vano, los esfuerzos de la directiva dieron su fruto y una temporada antes del parón provocado por el estallido de la Guerra Civil, en 1935, compitió en el campeonato Nacional Amateur.