La Guerra Civil y la autarquía de los siguientes años quebrantaron el normal desenvolvimiento de la industria naval vasca, básicamente, por la falta de materias primas y la pérdida de parte de la mano de obra cualificada. Por lo tanto, los problemas procedieron básicamente de la oferta y no tanto de la demanda.
El hecho de que la contienda no afectara a las instalaciones de los astilleros posibilitó que pudieran continuar trabajando. Concluida ésta, a primera vista su futuro se presentaba bastante alentador porque el régimen franquista trató de fomentar la construcción naval protegiéndola y concediendo créditos a bajo interés para financiar las inversiones en las factorías. Esta política no repercutió de igual modo en todas las gradas, por lo que la recuperación del conjunto del sector no llegó hasta la década de 1950.
Si bien a comienzos del decenio de los cuarenta los pedidos de nuevas unidades se incrementaron ostensiblemente, los problemas en el suministro de hierro y acero paralizó la actividad en aquellas factorías que precisaban comprarlos, siendo éste el caso de Astilleros Balenciaga, Astilleros Carmelo Unanue y Astilleros Lasa. En cambio, las empresas que contaban con talleres propios de función pudieron trabajar a un buen ritmo, lo que viabilizó que Astilleros Luzuriaga, Euskalduna y La Naval incrementaran espectacularmente sus índices de producción y se valieran de los préstamos baratos para ampliar sus infraestructuras. Merced a ello las dos firmas vizcaínas se convirtieron en líderes en la elaboración de buques y motores diesel a nivel nacional.
En cambio, el aislamiento español tuvo menores repercusiones negativas en los talleres dedicados a la manufactura de barcos con cascos de madera al ser menores los problemas de suministro pero, también, porque la falta de acero y de los materiales de construcción modernos obligó a volver a los sistemas constructivos antiguos. Así que, curiosamente, se produjo una revitalización del sistema de construcción naval tradicional.