Para 1560 la industria naval, además de ser uno de los pilares económicos de las dos provincias costeras vascas, había consolidado su posición en el conjunto del sector peninsular.
Los primeros años de esta etapa fueron testigos de la decidida política naval emprendida por Felipe II para la promoción y fomento de las construcciones navales en los astilleros del Cantábrico. Los resultados del conjunto de estas medidas fueron inmediatos y tangibles en el País Vasco. Por una parte, porque se produjo una brusca expansión del volumen e intercambios comerciales en el Atlántico. Por otra, porque aumentaron notablemente las fábricas navales aunque, eso sí, básicamente en los principales polos del País Vasco.
Este incremento de la construcción de barcos no fue suficiente para atender la creciente demanda de efectivos que había en la Península. Este hecho unido a las dificultades que tenía el Estado para recuperar los empréstitos concedidos, impulsó a Felipe II a adoptar nuevas medidas para el fomento de las fábricas navales en 1568. Fueron muy beneficiosas para los tinglados vascos y, en especial, para los de Pasaia, Ría de Bilbao, Oria y Deba ya que en ellos se botaron un gran porcentaje de los pedidos del Rey.
Aun y todo, la Monarquía no logró hacerse con buques suficientes para su Marina, por lo que se vio en la necesidad de tener que integrar en sus Armadas a un nutrido número de naos particulares. Así por ejemplo, en las flotas de la Armada Invencible, además de los galeones reales, hubo barcos vascos, portugueses, flamencos y levantinos.
El desastre de la Invencible, unido al incremento paulatino de la hostilidad en el Atlántico y la participación de los soberanos hispanos en ella, afectó negativamente a los astilleros vascos porque supuso la ruina de muchos armadores y constructores.
Esta adversa coyuntura pudo haber supuesto la decadencia de la construcción naval, pero no fue así. Se sorteó la crisis merced a la elaboración de un importante número de bajeles para la Corona que, a partir de esta fecha y hasta el primer tercio del XVIII, se convirtió en uno de los principales clientes de las factorías vascas.
Pero no todos los astilleros reunían las condiciones necesarias para la manufactura de naves de grandes dimensiones, por lo que esta demanda tan sólo podía ser atendida debidamente por unos pocos centros. Esta realidad y las oportunidades de negocio que brindaban estos pedidos, fue lo que animó a las factorías de Pasaia, el Oria y el Nervión a especializar su producción en labrar este tipo navíos para la Carrera de Indias y las Armadas Reales. De esta manera, no sólo lograron absorber la confección de casi todas estas unidades sino que trabajaron tanto o más que en los años de bonanza económica.
Esta nueva realidad forzó al resto de los tinglados a orientar su producción a un mercado mucho más restringido: el del comercio del cabotaje. Una vez más, estos encargos no tuvieron un reparto equitativo puesto que estuvieron cuasi monopolizados por las instalaciones de Zumaia, Deba, Mutriku y Lekeitio.