La Universidad de San Xavier de Chuquisaca, la más antigua de Bolivia y una de las más ilustres de América, fue un factor de primer orden en el proceso histórico de la independencia de Bolivia. Gabriel René Moreno, en su obra Ultimos días coloniales del Alto Perú, nos describe esta época, presentando a esta Universidad como "el laboratorio de las ideas de libertad de América". El grito de independencia de Chuquisaca (Charcas), en 1809, estaba bien apadrinado. Y fue el primero del continente, de independencia absoluta respecto de España. El ejército del virrey del Perú, 5.000 hombres, al mando de Goyeneche, batió a los patriotas de Chacaltaya. Goyeneche mandó ajusticiar a 84 personas en La Paz, entre ellos a los llamados "nueve protomártires de la independencia": Murillo, Sagárnaga, Lanza, Catacora, Jaén, Figueroa, Bueno, Jiménez y Graneros. Fueron famosas las guerrillas de Lanza, Zárate, Rojas, Camargo, etc.
El 14 de setiembre de 1816 se levanta Cochabamba, extendiéndose la revolución por las demás provincias de Charcas. Las tropas realistas, al mando de José Manuel Goyeneche, derrotaron a los patriotas e impusieron nuevamente la autoridad colonial. La independencia no se conseguiría hasta la intervención de Sucre y Bolívar, que libertarían y estructurarían la nueva nación. Una heroína de la independencia fue la vasco-boliviana Juana de Azurduy. En el combate de Villar, donde murió su marido, el guerrillero Manuel Ascensio Padilla, fue herida. Pero continuó participando en numerosos encuentros contra los realistas, alcanzando el grado de Teniente Coronel. Una ciudad del departamento de Chuquisaca y una calle en Buenos Aires llevan su nombre (datos suministrados por Juan Goyechea, de Argentina).