La guerra entre vicuñas y vascongados perseguía el dominio político y económico de la ciudad. Estas escaramuzas sangrientas duraron más de un siglo. A fines del XVI se desarrolla una lucha sorda entre los vascongados, que habían logrado primacías económicas, políticas y familiares en Potosí, y los castellanos, andaluces, extremeños y otros. En el siglo XVII la lucha adquiere caracteres de guerra civil. El bando de los vascongados tomó su nombre por ser la mayoría de sus componentes originarios del País Vasco. Los vicuñas sacaron el suyo de los sombreros de lana de este animal que usaban como distintivo. En 1612 Alonso Yáñez conspiró para destruir el poderío de los vascos pretendiendo apoderarse de la ciudad. Descubierto el complot, Yáñez y sus seguidores fueron ahorcados en Potosí. En 1620 se dictó una real cédula que prohibía el acceso a los cargos públicos a los deudores de la real hacienda. En 1622 los vascos volvieron a ganar las elecciones.
Esto, unido a las arbitrariedades de Diego de Portugal, presidente de la Audiencia, desencadenó la violencia. El capitán vasco Juan de Urbieta fue asesinado y su cadáver puesto frente a la casa del prominente vizcaino Francisco Oyanume. Los vascos reaccionaron ejecutando a varios vicuñas. El virrey nombró un nuevo corregidor, Felipe de Manrique, que también se manifestó del lado de los vascos. Los principales jefes vicuñas fueron ejecutados y se restableció la preponderancia vascongada. El año 1624, con el matrimonio de Eugenia del Castillo y Pedro Oyanume, hijos de los generales de ambos bandos, pareció terminar la lucha. Pero recrudeciose de nuevo en 1636, durando cuarenta años más. Lope de Aguirre estaba en Potosí en 1551. El Alcalde Mayor de Justicia, Francisco Esquivel, lo azotó injustamente. Aguirre lo siguió por todo Perú hasta que lo mató en el Cuzco. Aparece también en Charcas, con su futuro cronista Pedro de Munguía, en la conspiración de Sebastián de Castilla. La represión de Alvarado no alcanzó a estos dos levantiscos aventureros que habían huido ante su llegada, pues iba ahorcando a los secuaces de Castilla "a racimos".