Étapes. Le fonctionnement du Guipuzcoana a été divisé par l’historiographie traditionnelle en deux étapes. La première d'entre elles couvre la période où le siège principal était à Saint-Sébastien, c'est-à-dire jusqu'en 1749. Après une période d'inactivité forcée, due à la rébellion qui a eu lieu au Venezuela contre Guipuzcoana, en 1751, il a été décidé de déplacer son siège principal à la Villa y Corte. Et il resta à Madrid jusqu'à sa fermeture, qui eut lieu en mars 1785.