Etapas. El funcionamiento de la Guipuzcoana ha sido dividido por la historiografía tradicional, en dos etapas. La primera de ellas comprende el período en que la sede principal estuvo en San Sebastián, es decir, hasta 1749. Tras un período obligado de inactividad, por la rebelión que tuvo lugar en Venezuela contra la Guipuzcoana, en 1751 se decidiría el traslado de su sede principal a la Villa y Corte. Y en Madrid permanecería hasta su clausura, hecho que tuvo lugar en marzo de 1785.