El PSOE tuvo que afrontar durante la II República la realidad de un amplio movimiento pro autonomía vasca, que surgió con fuerza en las filas nacionalistas desde el mismo 14 de abril de 1931, resucitando el socialismo, que se instala en el País Vasco desde 1885, se ve enfrentado desde sus orígenes con el nacionalismo vasco, que nace a la vida política en la década de 1890. El nacionalismo vasco surge de la confluencia de la crisis social derivada de la primera industrialización con la alarma generalizada de unas clases medias locales -sobre todo de Bilbao- que sienten como una amenaza directa a su supervivencia social y política el deterioro de las costumbres y la aparición de ideologías revolucionarias.
El movimiento que dirigió Sabino Arana fue capaz de articular los temores que originaron la presencia y movilización masivas de los trabajadores inmigrantes, en una propuesta política que aunaba una marcada hostilidad hacia el socialismo con un discurso vasquista, de base ultracatólica y extremadamente xenófobo. Los elementos discriminatorios y peyorativos hacia los inmigrantes, o "maquetos", llevaron al socialismo a identificar nacionalismo con antimaquetismo, por lo menos desde que así lo enunciara Unamuno a finales del siglo XIX.
Su definición de nacionalismo como "una explosión enemiga hacia lo español no vascongado" fue asumida enteramente, tanto por la Agrupación Socialista de Bilbao como por el periódico de los socialistas de la región, "La Lucha de Clases". También Tomás Meabe, un converso del nacionalismo al socialismo, denunció las connotaciones racistas del movimiento, censurando la ignorancia de Arana y de sus seguidores hacia los modernos problemas del País. Meabe, como Carretero antes y Zugazagoitia después, contrapondría siempre al nacionalismo un socialismo sin patrias ni distinciones de razas. Para ellos, como para el conjunto de los socialistas vascos, el nacionalismo era incompatible con los ideales internacionalistas del socialismo obrero.
Con Indalecio Prieto, el socialismo vasco inició una apertura hacia la cuestión nacional, como consecuencia de la mayor sensibilización que se produjo en la Europa de entreguerras en el tema de las nacionalidades, por una parte, y como resultado de la aparición sumultánea de un catalanismo de izquierdas, por otra, que obligó al PSOE a un replanteamiento de sus concepciones, que culminan en su aceptación de las nacionalidades ibéricas en su Congreso de 1918. Prieto tuvo una gran importancia a la hora de introducir cauces políticos para un tratamiento eficaz y no traumático de la cuestión vasca, aunque no lo hizo de manera abierta hasta la II República, cuando resultó improrrogable la necesidad de hacer viables, dentro del nuevo régimen, las aspiraciones de vascos y catalanes.
Antes de esa fecha, sin embargo, Prieto no dudó en jugar la baza del españolismo, que puso en circulación la Liga de Acción Monárquica en 1919, tras la victoria del nacionalismo vasco en las elecciones de 1918. Ambas fuerzas políticas, monárquicos y socialistas, se sirvieron mutuamente para derrotar al nacionalismo, al que Prieto -según confesó en el Congreso de los Diputados ese año- temía más por reaccionario que por separatista. Durante la II República, los socialistas no llegaron nunca a elaborar un proyecto propio de Estatuto, sino que se limitaron a enmendar en un sentido democrático los que elaboraron otras fuerzas políticas. Pusieron como condición para apoyar cualquier Estatuto de autonomía que tuviera un carácter laico, fuera liberal y, por supuesto, se ajustara a la Constitución republicana.
Aceptaron el Estatuto cuadriprovincial que elaboró la Sociedad de Estudios Vascos, pero enmendándolo según sus criterios. Cuando en Estella los carlistas y nacionalistas le añadieron la cláusula concordataria, los socialistas lo rechazaron rotundamente, y Prieto denunció la aspiración de la coalición de derechas de crear en Euskadi un "Gibraltar vaticanista". Apoyaron el nuevo texto redactado por las Comisiones Gestoras de las Diputaciones, que fue inviable desde que Navarra se descolgó del proyecto unitario. Entre los socialistas navarros no hubo una unanimidad de criterios en tomo al tema estatutario.
El apoyo al mismo de Constantino Salinas, vicepresidente de la Comisión Gestora Provincial, y de Salvador Goñi, ponente del PSOE en la comisión encargada de la redacción de un proyecto de Estatuto, se vio contrarrestado por las serias reticencias que al mismo tiempo surgieron en importantes núcleos socialistas navarros. Van aflorando en los sectores navarros de izquierdas temores de que el Estatuto favorezca a las fuerzas políticas más conservadoras (la mayoría de ellas contrarrepublicanas) de la provincia, que acabarían convirtiendo a Navarra en un reducto antiliberal y reaccionario. Además, para los socialistas prima la cuestión social -el problema de la tierra, principalmente- sobre la cuestión regional o nacional. Los concejales socialistas de Pamplona y Tudela apoyan inicialmente el proyecto de Estatuto presentado por la Sociedad de Estudios Vascos, con algunas modificaciones sobre enseñanza, procedimiento y derechos, pero las cosas cambian a partir de la transformación del Estatuto vasco en Estella.
El Ayuntamiento de Tudela rectifica su postura a comienzos de 1932 y vota tanto contra un Estatuto navarro como contra uno vasco-navarro. En mayo de ese año los socialistas de Pamplona se pronuncian contra el Estatuto. "¡¡Trabajadores!!" publicó varios artículos muy críticos con las opiniones pro estatutarias de Salinas y Goñi, preparando el camino para un cambio de postura. Este cambio se materializa en el rechazo al Estatuto de la Asamblea de la Agrupación Socialista de Pamplona, de 12 de mayo de 1932, y, después, en la asamblea de ayuntamientos navarros de junio de 1932. A partir de 1933, los socialistas, para los que el problema no era tanto el Estatuto de autonomía en sí mismo, sino conseguir una autonomía no capitalizada ni controlada por el PNV, quiso dejar a este partido fuera de la redacción del nuevo anteproyecto, y reservar esta tarea a las Comisiones Gestoras, organismos rechazados por los nacionalistas y en los que, lógicamente, no estaban representados.
La autonomía vasca sin el PNV que pretendía el PSOE no fue viable de ninguna manera, como se demostró en el plebiscito de noviembre de 1933, en que masivamente ganó el sí al Estatuto, y en las elecciones generales de ese mismo mes, en que el PNV casi copó la representación parlamentaria en las Vascongadas. Aquel grave error del PSOE -al que sumó su intento de boicotear el plebiscito al saberlo perdido-, de hacer una autonomía vasca sobre la base de la exclusión del PNV, lo enmendó en la etapa del Frente Popular, apoyando tanto en las elecciones de febrero de 1936 -en las que se presentó como defensor del Estatuto-, como en la ponencia parlamentaria -en la que Prieto y Aguirre sacaron adelante el proyecto- el Estatuto de autonomía para el País Vasco.
Tras la victoria de las izquierdas se produjo un intento, por parte del Comité del Frente Popular Navarro, de reintegrar a Navarra al marco del Estatuto vasco: el 15 de junio dicho Comité se dirige al Presidente del Congreso de los Diputados advirtiendo de los planes de las derechas de suprimir del Estatuto vasco la cláusula de incorporación de Navarra y de los peligros de una autonomía navarra controlada por la reacción. Firmaban el escrito, entre otros, tres socialistas navarros: Juan Arrastia, José San Miguel y Jesús Boneta. Toda la política socialista de contención del nacionalismo, y de fortalecimiento simultáneo de republicanos y socialistas en el País Vasco, que se desarrolló durante la II República, no cabe interpretarla, sin más, como un bloqueo de la autonomía vasca, sino como una política de precaución que surgía del temor de los socialistas a una autonomía dirigida por el PNV· en su propio beneficio, o por la derecha contrarrepublicana, en el caso de Navarra. Estas claves seguirán gobernando la política del socialismo vasco durante muchos años.