1088 eta 1131 artean, Clunyko monasterioak hainbat erreforma eta handitze lanak jasan zituen. Horien bitartez, ordenaren monasterioetan islatu ziren arau arkitektoniko nagusiak finkatu ziren. Halere, ez zen sortu klunitar monasterioaren tipologia hertsia.
Eraikin horiek landa eremutan kokatzen ziren edo biztanle guneen kanpoaldean. Batzuetan, hondarrak eta antzinako eraikinetako materialak erabiltzen zituzten, gehienetan erromatarrak. Iturri, erreka edo iturburuetatik hurbil zeuden eta inguruan ere lur eremu handiak izaten zituzten, monjeak bertako ondasunetatik bizi baitziren. Beraz, monasterioak fundatzerakoan interes izpiritualez gain, interes ekonomikoa ere aintzat hartzen zuten. Monasterioak "Jainkoaren hiriak" omen ziren, baina aldi berean, lurra berritu eta oihandu egiten zuten.
Barne antolamenduari dagokionez, Clunyko monasterioa Erdi Aroko monasterioen ezaugarri nagusiak betetzen zituen. Klaustroa gune osoaren ardatz nagusia zen. Oinplanoa karratu zen eta estalperik gabekoa. Gune hori zutabe gaineko puntu erdiko arkuz osatutako galeri estali batez inguratuta zegoen. Era berean, zutabe horiek askotan binaka jartzen zituzten eta altura gutxiko banku jarrai baten gainean zeuden. Toki ireki horretan lorategi nagusia ezartzen zuten eta horrekin batera konketa eta putzu bana ipintzen dira. Klaustroaren inguruan areto nagusiak banatzen dira: sala kapitularra, gangaz estalitako espazio zabala da eta erregelaren atalak egunero irakurtzeko prestatua; errefektoria edo jangela, honen inguruan harrizko banku jarraitua eta pulpitua ditugu; lokutorioa edo beste areto guztietan nagusia zen derrigorrezko isiltasuna hausten zen espazioa; eta, azkenik, liburutegia, areto administratiboak, sukaldeak eta kaki-gordailuak. Urrunago bigarren mailako beste aretoak aurkitzen dira eta baratzetik hurbilago, hau da, aletegia eta upeltegia. Bigarren solairuan monjeen gelaxkak edo logelak aurkitzen dira, eskailera baten bitartez elizarekin zuzenean komunikatuta. Monasterioaren dimentsioa eta banaketa bera aldatu egiten dira era askotako faktoreen arabera, besteak beste, klimatologia, monjeen kopurua eta komunitatearen egoera ekonomikoa.