Monasterioarekin batera, Clunyko ordenaren hedapenean eliza da tipologia zabalduena. Monasterioarekin gertatzen den bezala, ez zen modelo zehatz bat ezarri, baina Clunyko monasterioaren gunean bertan eraikitako eliza eredu bilakatu zen garai hartako hainbat eraikin gauzatzerakoan. Ezaugarri zehatzak ezin badira nabarmendu ere, Borgoñako hiriaren kokapen geografikoa kontutan hartuta, nabariak dira mundu latindarreko kide diren Lonbardiako eragileen berezko ezaugarriak, Europako ipar aldeko arkitekturatik zetozen elementuekin batera.
Kontserbatutako aztarnen arabera, eta heldu zaigun dokumentazio eskasa kontutan hartuta, Clunyko elizaren eraikuntzan hiru aldi edo fase bereizten dira:
- Lehen aldia 910 eta 927 urteen artean finkatzen da, hau da, lehen elizaren fundazioaren eta sagarapenaren arteko urteak. Badirudi lehen eraikin hori otoniar estiloaren eraginpean egin zutela. Horrela, erdialdean gune zabal bat zeukan ardatz nagusi gisa (zirkularra edo poligonala), antzinako Erromatik jasotako eskema izanik, edota Jerusalemgo Hilobi Santuaren elizatik.
- 953. urteko hungariarren erasoaldiaren ondorioz lehen tenplua suntsitu egin zuten eta 981. urtearen inguruan bigarren eraikina gauzatzen hasi ziren. Eraikinaren kalitatea, guztia harriz egina, eta estetikari ipinitako arreta bigarren eraikin honen ezaugarri esanguratsuenak dira. Suitzako lurraldean Clunyren eraginpean gauzatutako elizei esker, eliza honen eskema berreraikitzeko aukera izan dugu. Oinplano luzerakoa edo gurutze latindarren itxurazkoa zen, hiru nabe dauzka, gurutzadura eta burualdean zazpi kapera. Kanpoaldean, arkuperik ez zuen baina ataria bai eta horixe zen gune osoko sarrera nagusia; gainera, sarrera aldean bi dorre zituen eta beste bat gurutzaduraren erdiko aldean. Apaingarriei dagokienez, Lonbardiako eragina zuten osagaiak nabarmenenak ziren.
- XI. mendearen amaieran, ordena handiagotzeko nahiak tenplu berri handiago baten sorrera ekarri zuen. Horrela, kristau tenpluen artean Clunyko eliza zen neurri handienak zituena, XVI. mendean Erromako San Pedro basilika berreraiki zuten arte. 1088. urtean lanekin hasi ziren 1130. urtera arte luzatuz eta Ingalaterrako erregeak eta Gaztela-Leongo erregeak (Alfonso VI.a) finantzatu zuten. Oinplanoari dagokionez, gurutze latindarraren forma zeukan zuen, eta horrez gain, bost nabe zeuzkan, bi gurutzadura eta burualdean girola eta horren inguruan bost kapera. Tenpluan sarrerako gunea nabarmentzen zen, bertan hiru nabe baitzituen, portikoa eta guzti eta bi dorreekin aurrealdean. Garai hartarako dimentsioak oso handiak ziren: multzo guztiak 200 metro inguruko luzera zeukan eta erdiguneko nabeak 30 metro inguruko altuera zuen eta 10 metroko zabalera.
Eraikuntzari so eginez gero, horrelako elementuak erabili zituzten: erdi puntuko arkua eta arku zorrotza, kanoi ganga eta ertz ganga. Nabarmendu beharra dago erdi puntuko arkuen eta arku zorrotzen arteko aldaketa eta leihoen presentzia, batez ere burualdean, barrualdearen argiztapena ahalbidetzen baitzuten argi naturalaren bitartez, eraikin erromanikoetan gertatzen ez zen bezala.
Kanpoaldean dorre ugari nabarmentzen dira, sarrerako atarian zeuden bi dorreez gain, gurutzadura nagusiaren erdiko gunean beste hauek genituen: sekzio karratua zuen dorre handi bat, altuera bereko beste bi dorre oktogonalak eta beste bi txikiagoak angeluetan. Beste dorre txiki bat burualdeari erantsitako gurutzaduran kokatuta multzo guztia osatzen zuen. Kanpoaldean ere nabarmenak ziren arbotanteen presentzia, leihoen ugaritasuna eta arku txiki eta itsuez osatutako apaingarriak, Lonbardiaren eraginpean eraikiak.
Eraikuntza eredu honek eragin handia izan zuen garaiko beste hainbat eraikinetan, bereziki honako hauetan: Borgoñako eliza erromanikoak, Charité-sur-Loireko abadiako Notre-Dame eliza, Neversko Saint Étienne eliza, Saint-Bennoît-Sur- Loireko abadiako eliza eta Paray-Le-Monialko basilika.