El valle y estuario de la ría de Urdaibai, declarado Parque natural y Reserva de la Biosfera (UNESCO, 1984) abarca 230 km² (22. 500 ha. ) lo que supone el 10% de la superficie del Territorio Histórico de Vizcaya y el 3% aproximadamente de la C.A.V. Ver URDAIBAI. Urdaibai se estructura en torno a la ría de Gernika, un estuario de valle fluvial de 12 km. de longitud y 1.000 m de anchura en su desembocadura y cuya profundidad media se estima en torno a los 3,5 m. La ría recibe las aguas de los ríos Oka y Golako, que se unen en las inmediaciones de Gernika formando el aporte principal de agua dulce del sistema, al que se suman las aguas subterráneas filtradas por los terrenos cársticos que circundan la ría. Son precisamente esos terrenos los que permiten la existencia de cursos de agua subterránea y numerosas cuevas, grutas y cavernas, entre las que destacan la sima de Ineritza con 450 m. de desnivel en Nabarniz; la gruta de San Pedro, de 2 km. de longitud, en Busturia, y las cuevas de Santimamiñe en las que se conservan importantes pinturas rupestres. La comarca de Urdaibai disfruta de un clima oceánico, al igual que el resto de la costa vasca, el cual estará caracterizado por una repartición homogénea de las precipitaciones a lo largo de todo el año; así, la precipitación anual ronda en torno a los 1.400 mm. además de leves oscilaciones térmicas. Dentro del Parque, quedan como principales núcleos de población: Gernika, Muxika y Mendata en la zona interior; Bermeo, Mundaka y Pedernales se hallan en el sector costero Occidental, mientras que Laida y Elantxobe en el sector costero oriental. Se han descrito hasta un total de 25 unidades diferentes de vegetación entre las que destacan por su importancia las comunidades autóctonas de encinar cantábrico, bosques mixtos, alisedas y bosquetes de abedules, una zona de landas compuesta por la argoma y el brezo, y los roquedos colonizados por helechos y herbáceas. Bordeando los canales de la ría aparecen amplias formaciones de carrizo (Phragmetis australis), junto con espadañas (Thipha latifolia), juncos (Juncus sp). En la zona de marisma, que se inunda con cada marea, aparece un tapiz de aspecto herbáceo compuesto por Spartina maritima, Salicornia ramossima y Zoostera noltii. Mientras que en las zonas sometidas a inundación, únicamente durante las mareas vivas aparecen especies como Aster squematus, Halimione portulacoides y Scirpus maritimus. Pero, además, esta zona conforma uno de los enclaves de mayor riqueza faunística del País Vasco sobre todo en lo referente a avifauna, ese es el caso de la gaviota argéntea (Larus argentatus) y cormorán moñudo (Palocrocoraz aristotelis) centrados sobre todo en la isla de Izaro. Entre las especies migradoras destacan la espátula (Platalea leucorodia), el ganso común (Anser anser) y numerosos limícollas como el Chorlitejo grande, el Chorlitejo pequeño, Zarapitos, etc. Las rapaces van a aparecer sobre todo en los sectores interiores, destacando la presencia de ejemplares de águila culebrera (Circaetus gallicus), lechuza común (Tyto alba) y milanos. Respecto a los habitantes de las aguas, esta zona cuenta con la presencia de la anguila, el corcón, la dorada, la lubina la platija y el sargo, destacando la presencia de un anfibio como es la rana patilarga (Rana iberica) en la regata de Busturia, único lugar de la C.A.V. en el que habita. En cuanto a los mamíferos destacan el visón europeo (Mustela lutreola), el tejón (Meles meles), la comadreja y el zorro (Vulpes vulpes).