Bere botereak burutzeko, HEAEK bereak dituen eta beste toki baten azalduko ditugun erakundeak ditu.
Erakundeon artean Legebiltzarra nabarmentzen da, 75 legebiltzarkidek osatua (Jatorrizko Lurralde bakoitzeko 25) lau urterik behin hauteskunde orokor, lokabe, zuzen eta sekretuaren bidez. Legebiltzarrak hiru eginkizun handi gauzatzen ditu: lege mailako arauak onartzeko gaitasuna dakarren legegintza eginkizuna; kontrol eginkizuna, Eusko Jaurlaritzaren ekimena kontrolatzera etorriz; eta finantza eginkizuna, EHAEko aurrekontuak onartzea ahalbidetzen diona.
Bigarren erakunde garrantzitsua Eusko Jaurlaritza da, Sailburuez eratu eta Jaurlaritzako Lehendakariak mahaiburututakoa izanez.
EHAEak ez du botere judizial propiorik. Epaitegi sistema Espainia guztirako bakarra da. Halaber, epaitegien antolaketa lurraldeka egituratzen da Estatuaren Autonomia Erkidegokako lurralde zatiketaren arabera.
Erakundeotatik eta hemen aipatzen ez diren eta HEAEko osorakoak diren beste batzuetatik at, Jatorrizko Lurraldeek euren erakunde propioak dituzte, funtsean hurrengo biak izanez: Foru Aldundiak eta Batzar Nagusiak.