El rey pamplonés Sancho Garcés IV, víctima de una conspiración organizada por dos de sus hermanos, los infantes Ramón y Ermesinda, fue despeñado en la roca de Peñalén (Navarra) durante el transcurso de una cacería (1076). Por estos acontecimientos que sobrevinieron a su muerte es conocido con el sobrenombre de "el de Peñalén". Sus hijos eran de corta edad para sucederle en el trono, por lo que Ramiro, hermano del rey fallecido y señor de Calahorra, se convirtió en un firme candidato.
En estos momentos, el ejército del rey Alfonso VI de Castilla, que se hizo con el reino tras el asesinato de su hermano Sancho II, entró en la Bureba y en la Rioja, y Ramiro, al igual que otros miembros de la familia del difunto monarca, se incorporó a la corte castellana. Ante esta situación, Sancho Ramírez de Aragón se proclamó rey de Pamplona con el apoyo de parte de la nobleza del reino. Llegó en primer lugar a la fortaleza de Ujué, donde fue bien acogido por sus vecinos, y posteriormente pasó a Pamplona. Mientras que la entrada de Alfonso VI, también primo-hermano de los anteriores, se entendió como una ocupación de tierras por conquista, la de Sancho Ramírez de Aragón se observó como una entrada pacífica que daba solución al problema sucesorio.
El rey aragonés había alcanzado en su avance la mayor parte del territorio navarro de la orilla izquierda del Ebro hasta Azagra, mientras que el castellano ocupaba la orilla derecha hasta Calahorra. La frontera entre ambos quedaba más o menos a la altura de Montejurra y Monjardín, plazas que se encontraban bajo el dominio de Sancho. El aragonés recuperó además las plazas de Puente la Reina y Sangüesa, las cuales habían sido ocupadas por Alfonso VI. Ambos monarcas incorporaron estas tierras a sus reinos y establecieron una especie de entendimiento por el que delimitaban las zonas de dominio; la zona oriental, desde San Sebastián hasta Jaca y desde el Ebro al Pirineo, quedó bajo el control de Sancho Ramírez, y Álava, Vizcaya e incluso tal vez parte de Guipúzcoa, bajo el dominio de Alfonso.
Al cabo de unos meses el rey Sancho Ramírez había reorganizado el reino de Pamplona, recorrió distintos pueblos del reino para congraciarse con sus habitantes, y se dedicó a distribuir honores para asegurarse la fidelidad y el apoyo de parte de la nobleza. En 1078 el hermano del rey, García, que era obispo de Jaca, se convertía además en obispo de Pamplona.
El rey Alfonso por su parte, se dedicó, sin descuidar los territorios fronterizos con los musulmanes, a establecer alianzas matrimoniales y compromisos políticos con los señores castellanos y vizcaínos que le habían ayudado en su entrada al reino de Pamplona. Trataba de atraer a los señores castellanos y, sobre todo, al conde Íñigo López, señor de Vizcaya, junto con los linajes de las tierras riojanas. El rey castellano otorgó a este conde el señorío de Álava y parte de Guipúzcoa a cambio de ceder sus posesiones en el Ebro. El enlace de su hijo Lope Íñiguez con Dª Tecla, hija del señor castellano Diego Álvarez, se ha considerado un punto de acercamiento decisivo hacia la política del monarca Alfonso.