Sancho Ramírez I acometió una ordenación de los asuntos internos del reino y llevó a cabo una intensa política de repoblaciones. Según algunos autores, en mayo del año 1090 se celebró una asamblea en Huarte en la que se reunieron señores destacados, prelados y numerosos buenos hombres de Aragón y de Pamplona. Son las primeras cortes de las que se tiene noticia y supuestamente en ellas se tomó la decisión de suprimir los malos usos que hasta entonces estaban en vigor. Sin embargo, otros autores dudan de la existencia de estas cortes. Entre ellos, José María Ramos y Lacertales demostró la falsedad de los diplomas que trataban de ellas y expuso los motivos que tuvieron los monjes de Leire y San Juan para crearlos. Por contra, sí puede constatarse que el monarca había comenzado unos años antes con la tarea de suprimir los malos fueros al conceder el "Fuero de Jaca" a esta población. Por medio de este fuero, que sirvió de modelo para fueros concedidos posteriormente a otras poblaciones, se dotó de nuevas normas al lugar de Jaca, ahora convertida en ciudad, y se eliminaron todos sus malos fueros anteriores.
Igualmente se preocupó por la repoblación de los pueblos, por las fortalezas fronterizas y, sobre todo, por las fortalezas recién conquistadas a los musulmanes. Esta obra de repoblación del reino le condujo hasta Estella, a la que otorgó su fuero en 1090. Hizo uso del privilegio y del fuero con el fin de atraer población hacia las comarcas fronterizas, peligrosas por la proximidad de los musulmanes. Un ejemplo de ello es la villa de Arguedas, tomada a los musulmanes en el año 1084 y a la que concedió su fuero el año 1092.
Por otro lado, Sancho Ramírez colaboró con otros poderes cristianos en la lucha contra el Islam; Alfonso VI solicitó la ayuda de la coalición armada pamplonesa-aragonesa contra los almorávides alrededor del año 1086 y el Cid para sus conquistas en Valencia. El rey de Pamplona y Aragón acudió a la ciudad de Toledo, que era amenazada por el emir Yusuf (1090), y envió un grupo de caballeros a Valencia para prestar apoyo al Cid (1091).