Tras la batalla de Atapuerca se recuperó el orden anterior al comienzo de la guerra entre el monarca pamplonés y el castellano, de forma que las tierras castellanas incorporadas por García Sánchez III a su reino continuaban bajo el dominio del reino de Pamplona. El rey García había favorecido al monasterio de San Millán extendiendo sus dominios por la zona de Obarenes y Montes de Oca, casi hasta alcanzar el lugar de Atapuerca. A raíz de esa expansión había adquirido posesiones en las tierras del valle de Mena, de la Bureba, del valle de Arlanzón y otras algo más lejanas. Su sucesor Sancho IV contaba con varios inconvenientes para mantener las fronteras heredadas y evitar la disgregación de los territorios que habían adquirido sus antecesores. En primer lugar, no era muy segura la fidelidad de algunos señores y particulares de las comarcas anexionadas, sobre todo de algunos señores de Castilla la Vieja. Por otro lado, la medida que había adoptado su padre García III de asignar los mandos de ciertas tenencias a caballeros pamploneses o de arraigo en el país, tampoco era muy eficaz. Las primeras tierras fronterizas que se disgregaron y pasaron a manos de Fernando I fueron las de Ubierna, Urbel y La Piedra. El resto permanecerían algunos años más bajo su dominio.
El año 1057 continuaban los conflictos entre ambos reinos vecinos. Las incursiones se realizaban en forma de penetración pacífica y eran acompañadas de una importante labor de soborno hacia los condes y señores más cercanos. Los primeros frutos de esta política a favor del monarca castellano-leonés se obtuvieron en las zonas de la Trasmiera, el valle de Mena, la Bureba y otros señoríos castellanos limítrofes al reino de León-Castilla, pero enseguida encontraron mayor resistencia. El rey Fernando ocupó Oña y afianzó su poder realizando importantes donaciones a las instituciones religiosas de la región. Entre sus acompañantes se encontraban Lope y Galindo Velázquez, que tenían señorío en Ayala, Mena y Somorrostro.
Permanecieron fieles al rey de Pamplonael señor de Vizcaya, Eneko López, el cual estaba casado con una hija de Fortún Sánchez, llamado "Aitano" o "Eitano" de Nájera, y el caballero Sancho Fortuñón, que tenía señorío en Pancorbo. Este lugar era un punto estratégico de paso y de acceso a los montes Obarenes. Igualmente siguieron al rey de Pamplona los hijos del conde de Álava Munio González; Nuño Moñuz el Álava, Laín Muñoz en Cellorigo y Tello Muñoz en la fortaleza de Término, y en las extremas avanzadas hacia Burgos, Fortún Jiménez en Monasterio y García Jiménez en Montes de Oca (1060).
Alrededor del año 1062 ambos reyes firmaron la paz y llegaron a un acuerdo en relación a las fronteras entre ambos reinos. Según algunos autores, ambos monarcas acordaron mantener la frontera tal como estaba en el año 1037, antes de la cesión de Fernando de ciertos términos a Pamplona. Según otros, la demarcación convenida sería la trazada entre los representantes de Sancho el Mayor y el conde castellano Sancho García en el año 1016, incluyendo bajo los términos de Pamplona la avanzada realizada por Sancho el Mayor en el año 1024, ya que la zona de Pancorbo quedó bajo el reino de Sancho Garcés. El rey Fernando se tituló desde entonces "rey de toda Castilla", mientras que el rey Sancho Garcés aparece como rey en Nájera y en Pamplona. Las tierras de la Rioja seguían formando parte del reino de Pamplona.