Los años 60 no comenzaron muy bien para la Real. Ya en la temporada 1959-60 los donostiarras se vieron obligados a jugar la promoción para mantener la categoría. La Real no comenzó mal la temporada pero una racha de siete derrotas consecutivas le llevó a los puestos comprometidos de donde ya no pudo salir. La Real concluyó la Liga en decimocuarta posición y se vio obligada a disputar la promoción con el Córdoba. Los realistas, con un nuevo entrenador, Joseba Elizondo, derrotaron a los andaluces en Atotxa, pero los andaluces hicieron lo propio en el partido de vuelta. El desempate se jugó en Madrid y los blanquiazules salvaron la categoría al imponerse por 1-0.
La temporada siguiente pareció devolver la tranquilidad a la Real que no pasó ningún apuro clasificatorio. Pero la 1961-62 fue triste para los aficionados realistas. El equipo que parecía estar consolidado en Primera volvió a vivir un amargo descenso. La Real concluyó la Liga en decimoquinta posición, lo que le condenó a Segunda.