Desde la finalización de la primera guerra civil, el desarrollo pautado de la economía capitalista en los ámbitos comercial, agrario, financiero e industrial, no encontró resistencias importantes por parte de los sectores provenientes del Antiguo Régimen. Los poderes políticos locales y provinciales heredados de la situación anterior siguieron teniendo un cierto peso en la configuración del país, aunque insertos en la legislación liberal emanada de los órganos centrales del nuevo Estado. Subsistieron a partir de 1844, cuando los liberales moderados accedieron al poder, tanto las Juntas Generales como las Diputaciones Forales provinciales, que abrieron a la burguesía nativa amplias posibilidades de crecimiento económico tras la modificación aduanera. Y si en Navarra la burguesía terrateniente logró sustanciosas ventajas económicas y fiscales en su inserción en el estado liberal, en Vascongadas, las competencias forales quedaron de forma tácita vinculadas al liberalismo moderado, y utilizadas por éste en su pugna contra el progresismo liberal. El sistema representativo estrictamente censitario encauzó desde entonces la lucha política partidaria. La ideología fuerista fue vertebrándose desde mediados de siglo. La cuestión religiosa cobró también virulencia al compás de momentos políticos extraordinarios como la revolución septembrina y el inicio del Sexenio democrático.
Ante esta nueva etapa histórica el carlismo mostró una fuerza electoral imponente en la convocatoria electoral previa al estallido de la IIª guerra carlista liberal iniciada en 1872. A lo largo del conflicto, la cuestión religiosa y la defensa foral ante el centralismo liberal se blandieron como elementos de confrontación hasta la saciedad, combatiendo al régimen monárquico amadeísta y a la Iª República por su carácter laico y democrático. La derrota del carlismo vasco en 1876 aceleraría las modificaciones de los restos del régimen foral que habían subsistido en Vascongadas, implementando este territorio en el cada vez más estructurado estado liberal español.
Desde 1839 hasta 1876 la transformación de la propiedad agraria fue una realidad, de manera que aquella antigua propiedad compartida, cargada de servidumbres, amortizada o vinculada, fue dando paso a otra caracterizada por ser individual y plena, sobre la que el titular tenía capacidad total de disfrute y disposición. Con la intensificación de la revolución burguesa liberal desde 1836 ese proceso se convirtió en irreversible e imparable. Los efectos derivados de la desamortización de bienes eclesiásticos, la desvinculación de tierras pertenecientes a la nobleza, así como la desamortización de bienes municipales de1855, se sumaron a los de la abolición de los señoríos jurisdiccionales, la desaparición de la Mesta, las exacciones fiscales de tipo feudal como la abolición de los diezmos, y las antiguas reglamentaciones que entorpecían las relaciones laborales y el libre mercado de trabajo. Aunque estas transformaciones repercutieron profundamente en las bases socioeconómicas de la antigua aristocracia terrateniente, los sectores más destacados de ésta apostaron por el nuevo modelo de funcionamiento capitalista y engrosaron las filas del liberalismo en su versión moderada. Allí confluyeron con otros sectores burgueses de tipo financiero y comercial. Ellos constituyeron el núcleo de la nueva clase dominante burguesa que estuvo, casi sin interrupción, al frente del sistema político español y vasco desde la época moderada. La configuración de los poderes provinciales en Navarra y en Vascongadas tuvo una variada composición como muestra la distinta dinámica política tras 1839. Todo ello incidió en una reordenación y en una nueva reubicación territorial de la población, así como en la reactivación emigratoria desde ambos lados del Pirineo hacia América.
Aunque se mantuvo el fuerte componente agrario de la economía, a partir de mediados de siglo, se crearon entidades bancarias y se inició la construcción de la infraestructura ferroviaria. Se abrieron nuevas posibilidades para la actividad comercial y la incipiente producción industrial. La política proteccionista gubernamental tuvo el apoyo de los grupos empresariales vascos en el último cuarto del XIX y, tras la finalización de la guerra civil en 1876, se consolidó la producción siderúrgica vasca junto a la extracción minera, el comercio marítimo y la construcción naval. La inicial actividad comercial y minera (sector éste que vivió su época dorada entre 1891 y 1910), y la acumulación de capital necesaria para la formación de ese tejido industrial siderúrgico caracterizó el "monocultivo del hierro" en Bizkaia. Mientras tanto la decadencia económica y poblacional en Iparralde era notoria y continuada.
El intenso desarrollo industrial conllevó graves desajustes sociales. Los empresarios vizcaínos no hubieran podido emprender semejante transformación sin el inmenso aporte poblacional que, atraído por el señuelo de un mejor nivel de vida, afluyó de las provincias vascas del interior y desde la meseta castellana. La evolución demográfica en todos los territorios vascos había sido muy parca a lo largo del siglo XIX, pero en las últimas décadas del siglo esa tendencia se quebró en Guipúzcoa y, sobre todo, en Bizkaia. En ésta, la población creció casi el 94 % entre 1857 y 1900, mientras que Gipuzkoa lo hacía en un 25 %. La influencia de la transformación económica en el rediseño de las ciudades y capitales vascas fue igualmente notable.
La llegada de los contingentes de población emigrante dejó al descubierto un buen número de problemas de todo tipo debido a la falta de infraestructuras mínimas en las zonas de recepción, carencia de medios para afrontar la nueva situación y la ausencia de una política de previsión eficiente. El hacinamiento en las viviendas, las concentraciones urbanas sobre todo en la margen izquierda de la ría bilbaína, la deficiente política urbanística, y la falta de escuelas y de instituciones sanitarias, repercutieron en el aumento de los índices de mortalidad y en el desarrollo de numerosas enfermedades. La total indefensión de los obreros industriales frente a los patronos se tradujo en bajos salarios, relaciones de trabajo arbitrarias, falta de organizaciones representativas, despidos, accidentes laborales por inexperiencia e inseguridad, dependencia del economato empresarial, desarraigo social, alcoholismo, etc.
La consolidación del capitalismo industrial en Bizkaia y en algunas zonas de Gipuzkoa, debido a su diferente impacto territorial, estableció socialmente una nueva demarcación con la aparición del proletariado, y la difusión de ideologías novedosas como el nacionalismo vasco y el socialismo.