Una vez instalado el nuevo gobierno y disueltas las juntas revolucionarias en toda España comenzó el debate en torno a la nueva organización del país. En la mayor parte del Reino produjo el enfrentamiento entre liberales y republicanos, mientras en las provincias vascas la lucha se desarrollaba en torno a dos bloques: liberales y carlistas. Este enfrentamiento junto con los debates motivados por los conflictos forales entre el Gobierno y las diputaciones vascas fueron los ejes que mediatizaron la dinámica política del período.
La petición de convocatoria de Juntas Generales Extraordinarias en Bizkaia por los carlistas fue el primer motivo de enfrentamiento entre los dos bandos en conflicto en el Señorío. Los tradicionalistas consideraban que al haber partido al exilio la Señora de Bizkaia, los vizcaínos estaban en su derecho para elegir un nuevo Señor, de acuerdo al Pacto de Unión. También defendían la necesidad de conocer la opinión del país reunido en junta acerca de la nueva situación política, así como la conveniencia de elegir un nuevo gobierno provincial. Tras esta campaña se ocultaba la intención de dominar la Diputación por el partido carlista y de elegir a D. Carlos como Señor de Bizkaia. La mayoría liberal del Regimiento evitó esta convocatoria y con ello un posible enfrentamiento con el Gobierno.
Un segundo motivo de enfrentamiento entre las diputaciones y el Gobierno fue la nueva Constitución. En este caso las diputaciones se negaban a su aplicación en estas provincias por su antiforalidad. especialmente por el contrafuero que suponía la aceptación de la libertad de cultos. En la provincia de Gipuzkoa las Juntas Generales de Hondarribia, celebradas el año 1869. supusieron la ruptura definitiva entre liberales y carlistas. Estos últimos abandonaron la asamblea por considerar que la representación de los municipios de Oiartzun, Azpeitia, Zumaia y Legazpia era contraria al Fuero, ya que sus ayuntamientos habían sido nombrados por el Gobernador Civil. A partir de este momento el control de la Diputación Foral pasó a manos de los liberales logrando de este modo un resorte de poder importante para tratar de contener la fuerza del carlismo.
El enfrentamiento carlista-liberal que condujo a la guerra se manifestaba por dos vías: la lucha política institucional que venimos describiendo y la lucha militar. Esta última fue ganando fuerza y adhesión en detrimento de la primera, a medida que avanzaba el período. En el año 1869, a los escasos meses del comienzo de la nueva andadura revolucionaria, comenzaron los movimientos de agitación militar carlista. Se iniciaron las compras de armas, la organización de partidas, el intento de atracción de las guarniciones militares y las reuniones de veteranos de la primera guerra. Esto condujo a una situación de agitación permanente al País Vasco que enturbiaba su vida política.
En el mes de julio de 1869 se produjo un intento de sublevación fracasado en Pamplona. Pero la sublevación con mayor trascendencia producida con anterioridad a las del 1872 fue la que se conoce con el nombre de Escodada. En el verano de 1870 los preparativos de los carlistas en la búsqueda de una oportunidad de una nueva sublevación encontraron eco en la celada tendida por el Jefe de Carabineros del Distrito, el coronel Antonio Escoda Canela. El coronel Escoda ofreció a los carlistas la colaboración de las tropas a cambio de su ascenso y diversas cantidades en dinero para él y sus tropas. Una vez alcanzados todos los acuerdos y fijada la fecha para la entrada en España de las tropas carlistas (26de agosto de 1870), los carlistas temerosos de un engaño decidieron retirarse a Francia, dándose la orden de detener la sublevación. Pero en otros lugares del País Vasco la sublevación se produjo, contando incluso con la participación de la Diputación vizcaína y el cuerpo de miqueletes a sus órdenes.
Las consecuencias de este movimiento fueron de importancia. Por una parte se produjo la destitución de la Diputación de Bizkaia por su implicación en la sublevación, siendo sustituida por otra compuesta por liberales, bajo la presidencia de Eduardo Victoria de Lecea y José María Murga. Esta nueva Diputación supuso una variación en las relaciones entre Bizkaia y el Gobierno, aproximándose a la que había establecido Gipuzkoa desde las Juntas Generales de Hondarribia en 1869. Por otra parte supuso la ruptura definitiva del consenso existente entre carlistas y liberales, tanto en Bizkaia como en Álava, algo que ya había sucedido en Gipuzkoa y Navarra, y que conduciría inexorablemente a la nueva sublevación de 1872 y finalmente a la guerra. Por último, esta sublevación como todas las intentonas carlistas fue interpretada como un movimiento propiciado por la existencia de los Fueros. Por ello la Escodada supuso un elemento más de debilitamiento para los liberales partidarios del mantenimiento del sistema foral