La sublevación producida el día 17 de septiembre en Cádiz no tuvo eco en estas provincias hasta el día 30, momento en que Isabel II abandonó España. A partir de este momento los sucesos del País Vasco cobrarán ciertos rasgos de especificidad producto de la importancia del carlismo y de los fueros, elementos determinantes en el desarrollo político posterior.
Al contrario de lo que sucedió en otros lugares de España las diputaciones vascas no fueron disueltas y permanecieron en el ejercicio de sus cargos. En el caso de Álava y Bizkaia se convirtieron en Juntas de Gobierno evitando, de este modo, la creación de otras juntas revolucionarias. De este modo se impedía la pérdida del control del poder político provincial por parte de los miembros del bloque de poder existente y se daba continuidad foral a las autoridades, para mantener sin interrupciones la legitimidad histórica concedida por las antiguas leyes vascas. Del mismo modo, con la disolución de las Juntas por orden del nuevo Gobierno Provisional, éstas volvieron a convertirse en diputaciones.
Así vemos la primera peculiaridad del desarrollo de la Revolución en tierras vascas, las autoridades isabelinas se convirtieron en autoridades revolucionarias con la única variación de su cambio de nombre. Como consecuencia lógica del planteamiento de estas juntas se desprende la no revalidación de su mandato mediante el sufragio universal, ya que su legitimidad provenía de las Juntas Generales de cada provincia que las había elegido como representantes de la misma, es decir, del Fuero y no de la legitimidad revolucionaria.
La composición de estas juntas era otro elemento diferencial. En ellas participaban personajes que se enfrentarían como carlistas y liberales en los años siguientes. A diferencia de lo que había sucedido en otros lugares de España donde las juntas estaban formadas por miembros de la Unión Liberal, el partido progresista y el demócrata, en estas provincias los carlistas y liberales, componentes del bloque de poder en la época isabelina, permanecían en la junta. Esta presencia de elementos carlistas, especialmente en la Junta de Bizkaia, supuso un obstáculo para su reconocimiento por las autoridades centrales que desconfiaban de su fervor revolucionario.
La labor de estas juntas también revestía un carácter diferente en comparación con la de las del resto de España. Sus proclamas no hacían mención a las cuestiones centrales del programa revolucionario: implantación del sufragio universal y abolición de quintas y consumos. Se centraron en los Fueros. Una de las primeras medidas adoptadas por alaveses y vizcaínos fue la aprobación de la reintegración foral, salvando todos los contrafueros producidos en el período isabelino incluido el restablecimiento del pase foral. Esta medida, en ningún momento refrendada por las autoridades centrales, suponía aprobar el poder de veto de las provincias vascas a toda la nueva legislación revolucionaria. Otra medida, lógica si tenemos en cuenta el restablecimiento de los fueros, fue la destitución de los ayuntamientos y su nueva designación de acuerdo con el sistema tradicional de elección en cada municipio, violando el principio introducido por la revolución del sufragio universal. Otra medida siempre presente en todas las proclamas de estas juntas fue los llamamientos al restablecimiento del orden. En esto podemos asimilar las juntas vascas a las de otros lugares de la Península.