A fin de hacer efectivos sus poderes, la CAPV cuenta con una serie de instituciones propias que serán explicadas en otro lugar.
Entre tales instituciones destacan el Parlamento, compuesto por 75 parlamentarios (25 por cada Territorio Histórico) que es elegido cada cuatro años mediante sufragio universal directo proporcional. El Parlamento ejerce tres grandes tipos de funciones: función legislativa lo que supone la capacidad para aprobar normas con rango de ley; función de control, en virtud de la cual controla la acción del Gobierno vasco; y función financiera, lo que le permite aprobar los presupuestos de la CAPV.
La segunda gran institución es el Gobierno Vasco formado por varios consejeros y presididos por el Presidente del Gobierno o Lehendakari.
La CAPV no tiene poder judicial propio. El sistema judicial es único para toda España. Sin embargo, la organización judicial se estructura territorialmente atendiendo a la división territorial del Estado en Comunidades Autónomas.
Al margen de estas instituciones, y otras que no se citan aquí, comunes a la CAPV, los Territorios Históricos disponen de sus propias instituciones que fundamentalmente son dos: Las Diputaciones Forales y las Juntas Generales.