La promulgación del R. D. Ley 13/2010 de 3 de diciembre modifica sustancialmente la ordenación jurídica, el funcionamiento y la financiación de las Cámaras. Sin embargo, diferentes aspectos están pendientes de desarrollo normativo y perdurarán un tiempo no definido, como los órganos de gobierno elegidos en marzo 2010, que estarán vigentes hasta marzo de 2014, por lo que parece conveniente describir cómo ha sido esa ordenación hasta el presente.
La Cámara de Gipuzkoa la forman el total de empresas del Territorio, un colectivo de en torno a 60.000 empresas, las cuales son electoras y elegibles de su órgano superior de gobierno, que es el Pleno.
Las empresas se clasifican por actividades en 20 Grupos, y cada una elige de entre las de su grupo a las empresas que estima oportuno, para formar el Pleno. El número de empresas elegibles por cada grupo está en relación a su aportación al PIB del Territorio.
En la Cámara de Gipuzkoa se elige de este modo a 36 empresas, quienes a su vez eligen a otras cuatro personas físicas de reconocido prestigio en la vida económica dentro de la circunscripción de la Cámara, de una lista de al menos seis personas, propuestas por las organizaciones empresariales principales del Territorio, la Asociación de Empresarios de Gipuzkoa-ADEGI y la Federación Mercantil de Gipuzkoa.
Las 36 empresas elegidas, una vez aceptada su elección, nombran cada una a la persona física que ha de representarles y, junto a los otros 4 vocales elegidos, forman el Pleno, que en su sesión constitutiva eligen de entre ellos a la persona que designan para presidente y a otras siete personas, formando los ocho miembros el Comité Ejecutivo, órgano permanente de gestión, administración y propuesta de la Cámara. Desde marzo de 2010, preside la Cámara de Gipuzkoa D. Pedro Esnaola Latasa.
Por normativa, se debe convocar a las reuniones del Comité Ejecutivo, con voz pero sin voto, a una persona en representación de la administración tutelante, Departamento de Industria, Comercio y Turismo del Gobierno Vasco. Además, el Pleno puede y suele invitar a otras personas quienes por razón de su prestigio, conocimientos y/o representatividad se considera positivo tomen parte en las deliberaciones del Pleno, en calidad de vocales cooperadores, aportando sus opiniones y valores.
La gestión de la Cámara se ejerce a través de una estructura permanente y propia de empleados, encabezada por su Director General, siguiendo las directrices generales de actuación y conforme a los presupuestos aprobados ambos por el Pleno de la Cámara.
En marzo de 2011, la estructura de personal la forman 48 personas, de las que 30 son mujeres y 18 varones, con una edad media en conjunto de 44 años. De ellos, 28 son titulados superiores, 12 intermedios y 8 de nivel equivalente a FP2. Destacan 15 licenciados en Administración y Dirección de empresas. El 21 de marzo de 2011 se nombra Secretario General-Director General a D. Endika Sánchez Aguirre.