Vacío universitario en el País Vasco. En este contexto de precariedad, las Juntas Generales de Vizcaya estudiaban en 1868 la propuesta de una Universidad Vasco-Navarra lanzada por la Diputación de Navarra en 1866. Al tiempo, se restauraba Oñati como Universidad Libre, dependiente del Ayuntamiento y con cátedras de derecho, filosofía y letras, y algunas de ciencias. En 1870 se acuerda crear una Universidad Católica vizcaina, con estudios preparatorios de derecho, letras y ciencias; pero los trastornos de la guerra civil impidieron la realización del proyecto. Sin embargo, esta segunda guerra carlista favoreció a Oñati, la cual, como Real y Pontificia Universidad Vasco-Navarra (1874-76) se convirtió en centro cultural de la Corte del Pretendiente (Carlos VII). Obtuvo el apoyo del pontífice Pío IX, y estableció estudios jurídicos y eclesiásticos, con facultad de otorgar grados. Finalizada la guerra, las cosas volvieron a sus cauces y la Universidad de Oñati pasó a convertirse en Seminario y hospital. Su último reestablecimiento como Universidad Católica lo fue entre 1895 y 1901. Un real decreto de 1896 la declaró oficial, con el nombre de Universidad Literaria de Oñate, con inspección de doctrina por parte del obispo y vinculación a Zaragoza para tribunales y exámenes. Podían cursarse en ella derecho, filosofía y letras, y notariado, registrándose matrículas de unos 150 alumnos. La financiación corría a cargo de la Diputación de Gipuzkoa y el Ayuntamiento oñatiarra. Fue suprimida definitivamente por decreto ministerial de 1901, en pleno enfrentamiento laicista con el movimiento neocatólico. Puede observarse por lo tanto que, como resultado de la reestructuración liberal de las universidades del Estado, a partir de la Ley Moyano de 1857, se originó un vacío en el País Vasco, de importantes repercusiones para el futuro. En efecto, la deficiencia pública iba a ser cubierta por universidades privadas de la Iglesia, dependientes de acuerdos internacionales entre el Gobierno español y la Santa Sede. La primera de estas iniciativas correspondió a los jesuitas de Deusto.