Gobernu berria ezarri eta Espainia osoan batzorde iraultzaileak desegin zirelarik, herrialdearen antolaketari buruzko eztabaida abiatu zen. Erreinuaren alde gehienetan liberal eta errepublikazaleen arteko gatazkak izan ziren. Euskal Herrian, ordea, gatazka beste bi blokeen artekoa zen: liberalak eta karlistak. Gobernuaren eta euskal diputazioen artean foru-gatazkak zirela medio sortutako eztabaidak eta aipatu bi blokeen arteko gatazkak izan ziren garai hartako dinamika politikoa baldintzatu zutenak.
Karlistek Ezohiko Batzar Nagusiak deitzea eskatu zuten Bizkaian. Hori izan zen, jaurerri horretan bi bandoen arteko lehen gatazka abiatu zuen arrazoia. Tradizionalisten arabera, Bizkaiko Andereak erbestera alde egin zuenez, bizkaitarrek Jaun berri bat hautatzeko eskubidea zuten, Batasunaren Itunarekin bat etorriz. Era berean, batzar batean elkartuta, egoera politiko berriari buruzko herrialdearen iritzia ezagutzeko beharra azpimarratzen zuten, probintziako gobernu berri bat hautatzea komenigarritzat jotzeaz batera. Kanpaina horren atzean alderdi karlista Diputazioaz jabetzeko eta Carlos Jauna Bizkaiko Jaun modura hautatzeko asmoa gordetzen zen. Errejimenduan liberala zen gehiengoa eta deialdi hori saihestu zuen eta, horrenbestez, Gobernuarekin balizko liskarra ere bai.
Konstituzio berria izan zen diputazioen eta Gobernuaren arteko gatazka eragin zuen beste elementu bat. Kasu honetan, diputazioek uko egiten zioten hura haietako probintzietan aplikatzeari, foruaren aurkakoa zela iritzita, bereziki, gurtzen askatasuna onartzea zekarren kontraforua zela medio. Gipuzkoan, 1869an, Hondarribiko Batzar Nagusiak egin ziren. Gertaera hark liberalen eta karlisten arteko behin betiko haustura ekarri zuen. Karlistek alde egin zuten asanbladatik Oiartzun, Azpeitia, Zumaia eta Legazpiko udalerrietako ordezkaritzak Foruaren aurkakoak zirela iritzita, izan ere, haietako Udalak Gobernadore Zibilak hautatuak ziren. Une horretatik aurrera Foru-diputazioen gaineko kontrola liberalen eskuetan geratu zen. Modu horretan, botere handia lortu zuten karlismoaren indarrari aurka egin ahal izateko.
Gerrak eragin zuen karlista eta liberalen arteko gatazka bi zentzutan zabaldu zen: orain arteko deskribatu dugun instituzio arteko borroka politikoa eta borroka militarra. Denborak aurrera egin ahala, bigarren borroka indartuz zihoan lehenengoa ahulduz zihoan heinean. 1869. urtean, ekinaldi iraultzaile berria abiatu baino hilabete batzuk lehenago, mugimendu militar karlistak hasi ziren. Arma-erosketak, partida-antolaketak, hornigai militarrak erakartzeko saiakerak eta lehen gerrako beteranoen bilerak hasi ziren. Horren ondorioz, Euskal Herria asaldura egoera etengabean bizi zen, hartako bizitza politikoa okertu zuena.
1869ko uztailean altxamendu-saiakera bat izan zen Iruñean, baina porrot egin zuen. Hala ere, 1872. urtearen aurretik gertatu zen altxamendu garrantzitsuena Escodada izenez ezagutzen da. 1870eko udan karlistek beste altxamendu bat prestatzen hasi ziren. Distrituko Karabineroen Buruzagi zen Antonio Escoda Canela koronelak antolatutako segada baliatu zuten horretarako. Escoda koronelak bere tropen kolaborazioa eskaini zien karlistei, trukean hura mailaz igotzea eta berarentzat eta bere tropentzat dirua eskatuz. Akordio oro erdietsita eta tropa karlistak Espainian sartzeko data finkatu ostean (1870ko abuztuak 26), karlistek Frantziara erretiratzea erabaki zuten azpikeria baten beldurrez, altxamendua geratzeko agindua eman zelarik. Dena den, Euskal Herriko beste leku batzuetan altxamendua gauzatu egin zen. Gainera Bizkaiko Diputazioaren eta haren aginduetara zeuden mikeleteen partaidetza ukan zuten.
Mugimendu horren ondorioak handiak izan ziren. Alde batetik, Bizkaiko Diputazioa indargabetu egin zen altxamenduan parte hartu zuelako. Liberalez osatutako beste diputazio bat sortu zen horrela, Eduardo Victoria de Lecea eta Jose Maria Murga buru zirela. Diputazio berri horren ondoren, Bizkaiaren eta Gobernuaren arteko harremanak aldatu egin ziren. Hala, Gipuzkoan, 1869an, Hondarribiko Batzar Nagusien ondorioz ezarritako antzeko harremanak finkatu ziren. Beste alde batetik, karlisten eta liberalen arteko akordioak apurtu egin ziren behin-betiko, hala Bizkaian nola Araban, aurrez Gipuzkoan eta Nafarroan gertatu bezala. Egoera horretan ekidinezina zen 1872ko altxamendua eta haren ondoriozko gerra. Azkenik, altxamendu hori, karlisten saiakera guztiak bezala, Foruen existentziak eragindako mugimendu gisa interpretatu zen. Hori dela eta, Escodada beste ahultze-elementu bat baizik ez zen izan foru-sistema mantentzearen alde zeuden liberalentzat.