Cabe realizar alguna consideración sobre las causas del completo fracaso en el que culminó todo este proceso de pacto-rendición. En primer lugar se plantea la interrogante, aún no resuelta, sobre las razones de la ausencia de los barcos en los días fijados, tema no resuelto, porque, aunque se abrió un expediente en su día, no se conoce ninguna conclusión. En segundo lugar, hay que insistir en el carácter delicado de una operación que trata de simular una derrota militar. Finalmente, no pueden olvidarse las estrechas relaciones que mantenían el Estado fascista italiano y los sublevados.
Sobre esta última cuestión, y más en general, sobre la interpretación del fracaso del llamado Pacto de Santoña, un hombre que lo siguió tan de cerca como el canónigo Onaindía realiza algunas valoraciones importantes, fruto de una conversación mantenida con el cónsul Cavalletti en noviembre de 1937: "lo sucedido en Santoña fue que los vascos se rindieron cuando ya no podían más y, de hecho, la rendición tuvo lugar después del último plazo fijado. Cavalletti había visitado Roma en el mes de julio en donde se entrevistó con Pietro Marchi, alto funcionario del Ministerio de Asuntos Extranjeros, quien le dijo que en el Ministerio se había creído que, como consecuencia del telegrama de Mussolini a Franco en favor de los vascos, éstos facilitarían rápidamente la rendición, pero no habiendo sido así, sospecharon que los vascos les estaban tomando el pelo. (... ) Los militares españoles habían opinado, por su parte, que los vascos no habían sido sinceros en el problema de la capitulación. Añade que, al parecer, Franco estaba dispuesto a acceder a las peticiones hechas por Mussolini en su telegrama, pero a condición de que los vascos al rendirse le dieran algo. Como la capitulación se hizo en los últimos momentos, Franco se había creído defraudado".
En cualquier caso, lo que sucedió en Santoña a partir del 4 de septiembre es bastante conocido. Tras el primer fusilamiento -el comunista Manu Eguidazu, el 5 de octubre- los franquistas procedieron a un muestreo de representantes de las fuerzas democráticas vascas para su ejecución. Así, dos dirigentes del PNV, dos del Ejército Vasco (afiliados al PNV), dos de ELA-STV (también del mismo partido), dos socialistas, dos comunistas, dos republicanos y dos anarquistas fueron pasados por las armas. Ajuriaguerra y Arteche, los dos principales protagonistas del pacto, pudieron salvar su vida, precisamente por ello. La mediación italiana jugó un papel decisivo a partir de la presión ejercida por el PNV y el mundo eclesiástico. De todas maneras, largos años de cárcel, de trabajos forzados o de campos de concentración esperaron a todos los que pudieron salvar su vida.