En cualquier caso, una vez perdida la guerra y el territorio vasco, el PNV decidió actuar autónomamente, aun sin desengancharse formalmente de la causa general republicana. De otro lado, los intentos de la jerarquía eclesiástica de romper la alianza entre el nacionalismo vasco y el Frente Popular continuaron, a pesar del fracaso de experiencias como la pastoral "Non Licet" de Mateo Múgica o la polémica entre el lehendakari Aguirre y el cardenal Gomá. En concreto, el futuro papa Pío XII -cardenal Pacelli- envió a Aguirre un telegrama el 12 de mayo de 1937 comunicándole las condiciones de una inmediata rendición de Bilbao puestas por Franco, básicamente centradas en la promesa de respetar personas y bienes. El sentido del cable, interceptado por los servicios republicanos y que nunca llegaría a su destino, venía a reflejar el interés del Vaticano de poner fin al enfrentamiento sangriento entre fuerzas confesionalmente católicas. Es decir, obtener una paz separada entre el bando franquista y el PNV.