Hainbat jarduera-sektoretan presente dauden kooperatibak Federazio sektorialetan egituratzen dira euren ordezkaritza eta interesak defendatzeko. 1996tik, Konfekoop - Euskadiko Kooperatiben Konfederazioaren sorrerarekin, Euskal Kooperatibismoa ordezkaritza eta garapenerako erakunde bateratu bat ardatz hartuta egituratzen da. Sei federazio ziren Konfederazioa osatzen zutenak:
- Euskadiko Kontsumo Kooperatiben Federazioa (1988)
- Euskadiko Nekazaritza Kooperatiben Federazioa (1989)
- Euskadiko Kreditu Kooperatiben Federazioa (1989)
- Euskadiko Lan Elkartuen Kooperatiben Federazioa (1989)
- Euskadiko Irakaskuntzako Kooperatiben Federazioa (1990)
- Euskadiko Garraiolarien Kooperatiben Federazioa (1992)
Halere, 2006an Euskal Kooperatiben Mugimenduko hainbat erakundek bat egiteko prozesuari hasiera eman zioten, alde batetik sinergiak aprobetxatzeko eta bestetik zerbitzuak bateratzeko asmoarekin. Ekimen horren ondorioz, Konfekoop 4 federaziok osatzera igaro zen: