Las Cooperativas presentes en los diversos sectores de actividad se estructuran en Federaciones sectoriales para defender sus intereses y su representación. Desde 1996 el Cooperativismo Vasco se vertebra en su conjunto en torno a una organización unitaria de representación y desarrollo con la creación de Konfekoop - Confederación de Cooperativas de Euskadi. Eran 6 las Federaciones que la conformaban:
- Federación de Cooperativas de Consumo de Euskadi (1988)
- Federación de Cooperativas Agrarias de Euskadi (1989)
- Federación de Cooperativas de Crédito de Euskadi (1989)
- Federación de Cooperativas de Trabajo Asociado de Euskadi (1989)
- Federación de Cooperativas de Enseñanza de Euskadi (1990)
- Federación de Cooperativas de Transportistas de Euskadi (1992)
Pero en 2006, varias organizaciones del Movimiento Cooperativo Vasco comienzan un proceso de fusión, con la intención de aprovechar sinergias y aunar servicios. De manera que Konfekoop queda compuesta por las 4 Federaciones resultantes del proceso: